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ITS序列动植物通用的DNA条形码(英文)

姚辉  宋经元  刘昶  
【摘要】:正The Internal Transcribed Spacer 2(ITS2) region of nuclear ribosomal DNA is regarded as one of the candidate DNA barcodes because it possesses a number of valuable characteristics,such as the availability of conserved regions for designing universal primers,the ease of amplification,and the presence of enough variability to distinguish even closely related species.However,a general analysis of its ability to discriminate species in a comprehensive sample set is'lacking.In current study,a total of 31,596 dicotyledon,10,572 monocotyledon and 10,758 animal ITS2 sequences were evaluated according to sequence length,GC content,intra- and inter-specific divergence,and the efficiency of identification. The results show that the inter-specific divergence of congeneric species in dicotyledons,monocotyledons and animals was greater than their corresponding intra-specific variations.Furthermore,the success rates for using the ITS2 region to identify dicotyledons,monocotyledons and animals were 76.8%,74.0%and 91.9%at the species level,respectively.Moreover,the ITS2 region unveiled a different ability to identify closely related species within different families and different genera.In addition,the secondary structure of the ITS2 region could provide useful information for species identification and could be considered as a molecular morphological characteristic.Therefore,as one of the most popular phylogenetic markers for eukaryota,we proposed that the ITS2 locus should also be used as a universal DNA barcode for identifying plant species and as a complementary locus for CO1 to identify animal species.Finally,to facilitate ITS2-based cross-kingdom species identification,we have developed a web application (http://its2-plantidit.dnsalias.org.

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