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基于生物信息学分析筛选宫颈癌关键基因

侯影  张静  何尧  周海锋  
【摘要】:目的:筛选与宫颈癌发生相关的关键基因,为宫颈癌诊断、预防及治疗研究提供科学依据。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载基因表达谱(GSE63514,GSE27678,GSE6791),利用GEO2R在线分析提取宫颈癌患者和正常对照患者显著表达差异的前250位基因,运用基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析、PPI (蛋白质-蛋白质互作用)网络构建以及Venn分析方法,筛选引起宫颈癌发生的关键基因。结果:通过对比富集分析,PPI以及Venn分析结果,GO分类这些基因主要与细胞周期调节、DNA损伤修复、P53信号通路调节等。在线STRING软件构建其中236个可翻译蛋白的蛋白与蛋白相互作用网络图,提示这些基因的表达产物大部分存在密切的相互关系。进一步运用Cytoscape软件将STRING所构建的蛋白网络图可视化及量化,筛选出SMC4、ANLN、UBE2C、MLF1IP、FBXO5、NUF2共6个基因。结论:通过对宫颈癌相关关键基因的生物分析研究,SMC4、ANLN、UBE2C、MLF1IP、FBXO5、NUF2可能在宫颈癌发病机制中起到重要作用,本研究后续将对相关基因进行生物学功能验证。

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