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泽泻科植物DNA条形码的筛选研究

黄琼林  马新业  梁凌玲  何瑞  詹若挺  陈蔚文  
【摘要】:目的:筛选出适合于泽泻科植物的DNA条形码。方法:采用MEGA 5.1软件分析泽泻科植物核内转录间隔区(ITS2)、核酮糖-1,5-二磷酸化/加氧酶大亚基编码基因(rbcL)、成熟酶K编码基因(matK)序列信息并比较不同序列种间、种内变异大小。采用Wilcoxon检验对计算结果进行检验,通过比较序列种内和种间变异的分布评估条形码间距(barco ding gap)。采用MEGA 5.1软件构建聚类树,评价不同候选序列的鉴定有效性。结果:分别获得ITS2、rbcL、matK序列42、46、27条,长度和GC含量范围为259-731bp和32.7%-60.1%。ITS2序列种内和种间变异均最大,而且种内变异和种间变异重合较少,有较明显的barcoding gap,形成单系分支百分比可达69.23%,能较好地区分泽泻科植物;rbcL、matK种内变异和种间变异重叠度高,鉴定效率均比ITS2低;3条候选序列均不能单独鉴别所有泽泻科物种。基于ITS2序列的聚类树揭示了泽泻属与其他3个属的亲缘关系较远。结论:建议采用多位点组合条形码进行泽泻科的鉴别。

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