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大鼠肝癌发生早期相关基因及诊断标记物的筛选

刘开坤  刘悦芳  朱进  朱晓静  张慧林  唐奇  冯振卿  张建平  
【摘要】:目的利用基因芯片技术研究大鼠早期肝癌和正常肝脏组织基因差异表达,筛选与早期肝癌相关基因及可能的诊断标记物。方法建立大鼠早期肝癌模型,应用 Affymetrix 公司的 Rat Genome 230.2.0基因芯片检测早期肝癌组织(T) 和正常肝组织(N)中 mRNA,构建差异表达谱, 并用生物信息学方法对芯片结果分析,以筛选出可能的早期肝癌诊断标记物。结果 T 与 N Log R≥ 2和 Log R≤-2差异表达基因共436个,其中表达上调260个,表达下调176个。经后续分析,上调和下调共涉及178种分子功能和204种生物学过程,并根据 Geneontology(GO)分类和 Excel 交集分析,按照其参与的生物学过程和具有分子功能进行聚类并筛选出可能的诊断标记物13个。结论应用基因芯片技术结合生物信息学分析,成功筛选出早期肝癌相关基因及可能的诊断标记物。

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