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利用Y染色体SRY基因对马鹿的遗传多样性进行研究

苏莹  邵元臣  张然然  周盼伊  邢秀梅  
【摘要】:在现代分子遗传学研究中,关于起源进化的研究主要集中在线粒体DNA和Y染色体这两个方面,主要的研究方法有单核苷酸多样性研究、微卫星多态性研究、基因拷贝数变异研究。线粒体方面的研究主要围绕Cytb基因、D-loop区、12sRNA和16sRNA等基因进行,而Y染色体方面的研究主要围绕SRY、ZFY、AMELY、DBY、USP9Y等基因进行。目前,马鹿资源的研究大多围绕着线粒体DNA,Y染色体的研究还比较少,虽然线粒体DNA方面的研究可以提供鹿科动物母系起源的证据,但还需要Y染色体分子遗传多样性的研究来进行补充。本实验中,我们采用PCR产物直接测序和克隆测序技术对塔河马鹿、伊河马鹿、阿尔泰马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿共150个个体的SRY基因进行研究,分析马鹿Y染色体的单倍型多样性并对马鹿的父系起源进行探讨,以填补马鹿Y染色体研究的空白。利用MEGA6.0软件和DnaSP软件对150个马鹿个体的SRY基因共2350bp进行分析,结果显示塔河马鹿变异位点最多,具有很高的核苷酸多样性,与其他马鹿间的核苷酸距离远。塔河马鹿与甘肃马鹿的核苷酸距离最大,本研究共定义了4个单倍型,分别为A1、A2、A3、A4,单倍型所占频率分别为:59.3%,15.6%,6.6%,18.3%。其中,东北马鹿有1个单倍型,塔河马鹿有3个单倍型,甘肃马鹿有2个单倍型,阿尔泰马鹿有1个单倍型,伊河马鹿有1个单倍型,另外,单倍型A1为东北马鹿、塔河马鹿、甘肃马鹿、阿尔泰马鹿、伊河马鹿共有,存在频率分别为:27.8%、7.2%、9.4%、27.8%、27.8%,单倍型A2、A3为塔河马鹿独有,单倍型A4为甘肃马鹿独有。利用所获得的SRY基因序列,进行系统进化分析表明,塔河马鹿自成一个单系;甘肃马鹿自成一个单系,塔河马鹿、阿尔泰马鹿、伊河马鹿、甘肃马鹿、东北马鹿聚成一类,塔河马鹿、甘肃马鹿与其他马鹿之间可能存在基因交流。

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