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胃癌DNA甲基化组规模化验证及其发生发展标志物

刘兆君  高艳红  张君  Pei L  秦耘  季加孚  Shi H  邓大君  
【摘要】:为了弥补国内外胃癌DNA甲基化组研究方面的空白,为筛选胃癌发生发展相关的DNA甲基化标志物提供候选基因,我们利用RLGS和定制的启动子芯片(Agilent,100K),首先对4队转移性和4队非转移性胃癌及其切缘组织的DNA甲基化变异进行了全基因组分析,初步发现了547基因个异常甲基化与胃癌发生相关,602个基因个异常甲基化与胃癌转移相关。根据基因的功能信息等挑选其中70余个基因5'端CpG岛作为一线的待验证靶DNA序列,分别建立相应的CpG岛甲基化的DHPLC快速测定方法,进而在48~102对胃癌及其切缘组织和正常胃粘膜对照样品中进行大规模的验证分析,发现了11个基因异常甲基化与胃癌发生相关(BMP3、BNIP3、GFRA1、HOXD10、KCNH1、PSMD10、p16、PTPRT、SRF、TFPI2、ZNF382);其中GFRA1、SRF、ZNF382甲基化与胃癌转移成呈负相关,并且在国际多中心验证研究中得到了证实。这些结果表明,所得的胃癌DNA甲基化组数据对研究胃癌的癌变原理有理论意义,对筛选胃癌发生发展标志物也有重要应用价值;SRF、ZNF382、GFRA1基因异常甲基化可能作为预测肿瘤转移能力和患者术后总生存时间的DNA甲基化标志物(已申报国际发明专利)。

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