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灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

刘林  李成云  杨静  业艳芬  李进斌  周晓罡  王云月  朱有勇  
【摘要】:本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7,859个SSR序列(长度大于15 bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61kb中就有1个大于15bp的SSR序列。其中数量最多的是三碱基SSR,数量达到3,033个,其次为六碱基重复序列(2,121个)、五碱基重复序列(1,820个),这三种SSR总数达6,974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。

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