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植物病原细菌Pseudomonas syringae pv.Tomato基因组中的信号肽分析

刘雅婷  李正跃  朱有勇  李成云  
【摘要】:本文应用SignalP 3.0对植物病原细菌Pseudomonas syringae pv.tomato DC3000 菌株基因组中的全部5615个ORFs进行了分析。确定其中679个ORFs所编码蛋白质的N-端有信号肽序列,其中已经命名并有注释的有107个ORFs。信号肽的长度以19 aa-31 aa居多,其中最多的是23 aa的信号肽。具有信号肽的ORFs编码蛋白的长度大多为101-400 aa之间。同时,对组成信号肽的氨基酸种类作了系统的分析,发现组成信号肽的氨基酸中非极性氨基酸占48.54%,极性氨基酸占18.67%,带负电荷氨基酸占24.54%。带正电荷氨基酸仅占8.00%,出现最多的3种氨基酸依次为亮氨酸、丙氨酸和丝氨酸,最少的氨基酸是异亮氨酸,在切割位点-1端的氨基酸中83.211%均为丙氨酸,在切割位点后3位的氨基酸中最多的氨基酸也是丙氨酸。通过分析确定628个分泌类信号肽,36个信号肽具有RR-motif的保守区段,15个脂蛋白类信号肽,未发现Prepilin-like信号肽和Bacteriocin and Pheromone信号肽。

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