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Target Prediction based on the Maximum 2D- and 3D-ligand similarity models

Xian Liu  Jianlong Peng  Qiancheng Shen  Jing Lu  Jing Li  Lili Liu  Yin Lu  Xiaomin Luo  Mingyue Zheng  
【摘要】:正Background:Most of drugs can bind to multiple targets,among which the primary one is typically related to disease treatment and others are responsible for adverse events. For this reason,a computational approach to predict potential targets of ligand could enable researchers to discover new chemical entities with more favorable activity and safety profile. Methods:We developed a maximum similarity model,on the assumption that the similar molecule may have similar bio-profile and tends to interact with the same target. Targets related to FDA-approved drugs were collected from DrugBank and each target was presented by its ligand set(drugs or active molecule) as a template.Next,we explored 2D fingerprints,3D method(combining shape overlapping and feature matching) to calculate the similarity between a query molecule and all the ligand sets that correspond to different targets. For the each set,we only keep the maximum similarity score,which was used to rank all possible interacting targets for the query molecule.The high ranked targets were collected and analyzed.Furthermore,by pair-wise comparison of similarities between representative ligand sets of different drug targets,we constructed a network of target-target interaction,which can be used for exploring target relationship systematically. Results:Our proposed model was tested by retrieving targets for the active ligands in DUD(directory of useful decoys) dataset,showing AUC(area under curve) values above 0.85 for 20 targets(out of a total of 30 targets). Conclusions:The ligand-based target prediction model presented here can be used in following applications:One is to target-fishing for orphan ligands and the other is repurposing for known drugs or drug candidates.The primary advantage of the method is fast and without relying on the target structure.

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12 ;《计算物理》第七卷(1990)总目录[J];计算物理;1990年04期
13 ;《强激光与粒子束》1991年(第三卷)总目录[J];强激光与粒子束;1991年04期
14 刘爱民,尚克刚;转基因动物的基因定位整合[J];中国生物工程杂志;1991年03期
15 ;《强激光与粒子束》1992年(第四卷)总目录[J];强激光与粒子束;1992年04期
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17 ;电子科学学刊 第14卷 总目次 1992年[J];电子与信息学报;1992年06期
18 张伯彦,蔡庆宇,袁曾任;跟踪机动目标的一种新方法的研究(英文)[J];控制理论与应用;1992年03期
19 ;《东北工学院学报》第14卷(1993年)总目次[J];东北大学学报(自然科学版);1993年06期
20 ;生物工程学报 第10卷(1994)总目录[J];生物工程学报;1994年04期
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1 ;An Anomaly Detection Approach based on Symbolic Similarity[A];Proceedings of 2010 Chinese Control and Decision Conference[C];2010年
2 John D.Holliday;Peter Willett;;Similarity based Virtual Screening:Effect of Similarity coefficient and Dataset[A];中国化学会第28届学术年会第14分会场摘要集[C];2012年
3 ;A Cluster Analysis Method Based on Combination Similarity and Its Application[A];Proceedings of 2010 Chinese Control and Decision Conference[C];2010年
4 Genevieve Bonnechère;;A Vegetable based Versatile Ingredient for Liquid Laundry Detergents[A];第31届[2011]中国洗涤用品行业年会论文集[C];2011年
5 董绍俊;;Aptamers based Biosensors for Sensitive and Selective Analysis[A];第六届海峡两岸分析化学会议摘要论文集[C];2010年
6 ;Research on Knowledge-based Engineering System for Rapid Response Design of Machine Tool[A];Proceedings of 2010 Chinese Control and Decision Conference[C];2010年
7 朱永亮;;近邻平均相似值法用于中草药化学成分的毒性预测(英文)[A];全国生化/工业与卫生毒理学学术会议论文集[C];2010年
8 ;An Efficient Flexible Semantic Distance Function[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
9 Raymond SHEN;KIKUCHI Hideaki;OHTA Katsumi;MITAMURA Takeshi;;Towards the Characterization Control in Personalized Vehicles by Text-based Style Change[A];第十一届全国人机语音通讯学术会议论文集(一)[C];2011年
10 ;Does capillary racetrack-based enrichment reflect the diversity of uncultivated magnetotactic cocci in environmental samples?[A];中国科学院地质与地球物理研究所2008学术论文汇编[C];2009年
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1 本报记者 李英;业特士——网络经济造就的新一族[N];工人日报;2001年
2 北京对外经济贸易大学信息学院;电子商务的税收制度[N];国际商报;2002年
3 广州市少年宫 张建兴;开创现代教学观念[N];音乐周报;2001年
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7 界龙;上海外贸界龙通过TARGET公司供应商审核[N];中国包装报;2010年
8 ;高新技术产业基本情况[N];国际商报;2000年
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