收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

MetaMHCIIpan:a consensus approach for pan-specific HLA-DR binding predictions

Lianming Zhang  Linyuan Guo  Shanfeng Zhu  
【摘要】:正Background:Binding of antigen peptides to Major Histocompatibility Complex ClassⅡ(MHC-Ⅱ,mainly HLA-DR for human) molecules is a core step in the adaptive immune responses.Accurate identification of MHC-restricted peptides is of great importance for elucidating the underlying mechanism of immune recognition,as well as for developing effective cpitope-based vaccines and promising immunotherapies for many severe diseases. Due to extreme polymorphism of MHC-Ⅱalleles and the high cost of biochemical experiments,the development of computational methods for accurate prediction of binding peptides of MHC-Ⅱmolecules,particularly for the ones with few or no experimental data,has become a topic of increasing interest.Recently a few so called pan-specific methods have been developed to meet this need,including our newly proposed method,TEPITOPEpan,which can make prediction with decent accuracy for over 700 HLA-DR Molecules.The performance of these methods is however not good enough and should be improved. Methods:MetaMHCIIpan is a consensus method which integrates by AvgTanh the outputs of multiple pan-specific methods for predicting binding peptides.Four state-of-the-art pan-specific predictors and two leading normal allele-specific predictors are involved in this study.After checking the performance of various combinations,an optimal one is selected as the default setting of MetaMHCIIpan. Results:Experimental results over three benchmark datasets showed MetaMHCIIpan with the default predictor combination,which outperformed all individual predictors in prediction accuracy,being statistically significant.MetaMHCIIpan is freely available at http:// www.biokdd.fudan.edu.cn/Service/MetaMHCIIpan. Conclusions:MetaMHCIIpan utilizes diverse base predictors to achieve the current best performance in predict peptides binding to MHCⅡ,keeping a nice feature of pan-specific methods.That is,MetaMHCIIpan is applicable to any HLA-DR alleles.The consensus method thus shows great potential for effective boosting the discovery of T-cell epitopes.

知网文化
【相似文献】
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 周荣家;;DNA demethylation and USF regulate the meiosis-specific expression of the mouse Miwi[A];第二届模式生物与人类健康研讨会会议论文集[C];2012年
2 陈佐友;罗小英;何晓瑛;雷继刚;刘青松;裴炎;李德谋;;拟南芥PDR12基因启动子的克隆与表达特性分析[A];重庆市生物化学与分子生物学学术会议论文摘要汇编[C];2009年
3 赵力;张钊;王越;赵元茵;闫小晶;陈彬;李渝萍;周度金;张艳;;MBD2b表达质粒的构建及初步诱导表达的实验研究[A];重庆市生物化学与分子生物学学术会议论文摘要汇编[C];2009年
4 肖君华;;A novel strategy for genetic dissection of complex traits:the population of specific chromosome substitution strains from laboratory and wild mice[A];中国遗传学会模式生物与人类健康研讨会会议论文集[C];2010年
5 ;Evolution of binding domain in charge of attachment to heparan sulfate proteoglycan(HSPG)on cell surface may be an important factor affecting formation of some HPV types[A];重庆市生物化学与分子生物学学术会议论文摘要汇编[C];2009年
6 杨青;郑广勇;熊赟;朱扬勇;;Qnet-BSTM:一个转录因子结合位点文本挖掘算法[A];第二十五届中国数据库学术会议论文集(二)[C];2008年
7 宁保安;李晓芳;王彩红;范献军;王红勇;高志贤;;胆汁三烯结合蛋白在大肠杆菌的高效表达、复性与纯化[A];天津市生物医学工程学会第30次学术年会暨生物医学工程前沿科学研讨会论文集[C];2010年
8 ;Evaluation of PLK1 Small Molecule Inhibitors Using Zebrafish[A];“基因、进化与生理功能多样性”海内外学术研讨会暨中国生理学会第七届比较生理学学术会议论文摘要[C];2009年
9 张春晓;Paul Soloway;赵茹茜;;甲基化CpG结合域蛋白的原核表达、纯化及应用[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
10 李士泽;赵雅楠;李玉恒;杨焕民;;冷诱导RNA结合蛋白的结构与功能[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 张继龙;几类重要蛋白质的分子动力学模拟及相关抑制剂的改良[D];吉林大学;2010年
2 刘明;蛋白质与配体相互作用机理的分子模拟研究[D];北京工业大学;2010年
3 唐宁;p52SHC1和p52SHC3对神经元、神经干细胞和PC12细胞周期的影响研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2010年
4 张升祥;家蚕气味结合蛋白基因的研究[D];山东农业大学;2009年
5 李明玉;硬骨鱼类IGF信号通路两个重要基因的结构和功能研究[D];中国海洋大学;2010年
6 刘长东;Cdt1结合结构域与Mcm6结合结构域的NMR结构研究[D];华东师范大学;2011年
7 徐兆华;基因芯片数据统合分析方法的若干拓展[D];浙江大学;2010年
8 杜洋;相容性溶质结合蛋白OpuCC和粘蛋白结合蛋白Spr1345结构功能研究[D];中国科学技术大学;2011年
9 李实骞;氧化固醇结合蛋白家族相互作用蛋白组的鉴定和功能研究[D];暨南大学;2010年
10 钟英斌;类胰岛素生长因子结合蛋白3(IGFBP-3)的作用机制及功能进化研究[D];中国海洋大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 朱晔;低温厌氧颗粒污泥中微生物菌株的生物信息学分析[D];河北科技大学;2010年
2 刘文;八肋游仆虫中心蛋白EF-loops区首个Asp作用的研究[D];山西大学;2010年
3 薄世平;产生抗菌肽的海洋细菌(Bacillus subtilis)基因组分析[D];浙江大学;2011年
4 郑文江;铁相关蛋白Dps对迟缓爱德华氏菌毒力影响的研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2011年
5 明敏;运用全内反射荧光显微技术研究UNC-31/CAPS蛋白在囊泡锚定过程中的作用[D];华中科技大学;2009年
6 张伟;海鞘MicroRNA基因的识别及其靶标预测[D];辽宁师范大学;2011年
7 王大巾;结合EGFR3’非翻译区的蛋白质复合物的分离与鉴定[D];浙江理工大学;2011年
8 沈中华;细胞色素P450中配体进出通道和协同效应的研究[D];华东理工大学;2012年
9 杨晓扬;线粒体膜间隙蛋白质相互作用网络的构建与分析[D];中国人民解放军军事医学科学院;2011年
10 王晓婷;腺苷脱氨酶与核酸相互识别机制的分子模拟研究[D];兰州大学;2012年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978