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MLPH基因多态性位点与獭兔毛色的关联性分析

李佳丽  陈阳  刘明  陈秋燃  周娟  吴信生  
【摘要】:本试验采用PCR产物直接测序法,分析了黑色、白色和青紫蓝色3种毛色60只獭兔MLPH基因的多态性,探究MLPH基因SNP位点及獭兔毛色关联性,为阐明獭兔毛色调控机理提供科学依据,同时为獭兔的定向化培育分子标记辅助选择提供重要依据。试验随机抽取同批出生、健康的5月龄獭兔共60只(其中青紫蓝色獭兔20只、白色獭兔20只、黑色獭兔20只),每只獭兔剪取一小块耳组织提取DNA。根据Ensembl上公布的MLPH基因序列设计外显子特异性引物,PCR产物送华大基因公司测序。试验数据使用DNASTAR Lasergene 8.0将序列进行比对。采用直接计数法计算多态性MLPH的基因型和等位基因频率,探究MLPH基因多态性位点的遗传结构。用卡方检验评估每个SNP的Hardy-Weinberg平衡。用Haploview4.2软件对MLPH基因13个突变位点进行单倍型的构建,探究单倍型与表型性状的关联性。结果表明:在3种毛色獭兔群体中共检测出13个SNPs,分别存在于5号、8号、9号、12号外显子中。其中,5号外显子的C18169A、T18173C、C18205G位点,9号外显子的A28529G、C28554T位点及12号外显子的C31682G位点(χ~25.99,P0.05),表明不同基因型在3种毛色獭兔品种中差异显著。通过对13个SNPs位点的遗传结构分析,均发现这13个SNPs位点在3个獭兔群体中杂合度较高,表明这13个位点在群体中的变异较大。除了C18169A在黑色獭兔群体中PIC(PIC0.25),为低度多态,其余位点在3个獭兔群体中均为中度多态(0.25PIC0.50),表明C18169A位点提供的遗传信息较差,而其余位点在3个獭兔群体中分布均匀,且能比较合理地提供遗传信息。对3个獭兔群体进行Hardy-Weinberg检验,发现除了青紫蓝獭兔群体C18169A位点,其余群体在检测位点都处于哈代温伯平衡状态。通过单倍型分析,发现青紫蓝獭兔群体的主要单倍型为H3、H1、H4;白色獭兔群体的主要单倍型为H1、H3、H2;黑色獭兔群体的主要单倍型为H1、H2、H5,实验中8个SNP位点r~2=1,即完全连锁,其余位点的r~20.8,进一步证明了这13个位点间处于紧密的连锁不平衡状态。结论:本研究MLPH在3种毛色獭兔群体中共检测出13个SNPs,而3种毛色獭兔群体的主要单倍型不尽相同,推测13个突变位点和5个主要单倍型是区分青紫蓝、黑色和白色獭兔的重要功能位点和单倍型,为獭兔的定向化培育提供有价值的分子标记。

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