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猪细小病毒自然弱毒N株(PPV-N株)VP1蛋白二级结构及B细胞抗原表位预测

赵武  李斌  梁家幸  梁保忠  姚瑞英  黄安国  何颖  蒋玉雯  
【摘要】:以PPV-N株的VP1蛋白基因序列为材料,采用Chou-Fasman方法、Garnier-Robson方法和Karplus-Schultz方法来预测VP1蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法预测VP1蛋白的亲水性,用Emini法预测VP1蛋白的表面可能性,用Jameson-Wolf方法预测VP1蛋白的抗原指数,然后综合分析VP1蛋白的B细胞抗原表位.结果表明,PPV-N株VP1蛋白的二级结构以β-折叠为主,并有较多的转角和无规则卷曲区域,在序列的20-56,61-80,86-130,136-188区域最有可能是B细胞抗原表位的优势区域.本研究将为PPV-N株自然弱毒的分子机理以及反向疫苗学的研究提供一定的理论依据.

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