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家鸡核糖体蛋白基因RPS13的电子克隆及鉴定

李亮  朱庆  
【摘要】:为了对分离到的一肝脏组织表达的 cDNA 序列进行分析分析和鉴定,本研究利用电子克隆的方法,将该序列提交到 Genbank 的 dbEST 数据库,得登录号 CN606328。以该序列作为起始序列,对家鸡 dbEST 以及 nr 核酸数据库进行 BLAST 检索,发现该序列为一未知功能的 EST 序列,属于 UniGene 数据库中 Gga.8499基因簇。下载该基因簇所有序列,利用 CAP3序列拼接程序获得10个基序(contigl-contig10),其中 contig7为包含 CN06328的基序。采用 BLASTx 以 contig7为起始序列检索所有物种核酸蛋白数据库 nr,发现该基序正向第三阅读框编码的蛋白质与人、小鼠、大鼠等物种核糖体蛋白 RPS13 序列完全一致,结果表明该序列为家鸡核糖体蛋白 RPS13的 cDNA 序列。本研究采用“电子延伸”的方法,成功获得了家鸡核糖体蛋白基因 RPS13的 cDNA 序列(NCBI 登录号为 AY626809),表明利用当前已有核酸数据库,能够简单而准确地对某些畜禽新基因进行电子克隆及鉴定。

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