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乳酸杆菌属16SrDNA实时荧光定量PCR检测方法的建立和应用研究

葛忠源  程安春  汪铭书  杨晓燕  齐雪峰  黄永成  张素辉  胡骑  陈孝跃  
【摘要】:根据Genbank中乳酸杆菌属16SrDNA基因序列设计并合成PCR引物及针对乳酸杆菌属的特异Taqman探针,以乳酸杆菌标准菌株的PCR扩增产物作为阳性模板制定标准曲线,建立乳酸杆菌属实时荧光定量PCR检测方法。该检测方法Mg2+最佳工作浓度5mM,探针最佳工作浓度0.12μM, 标准曲线相关系数为1.000,线性范围为103-109copies/μL,能够定量和特异性检测乳酸杆菌属菌群而与其他菌群的代表种大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、屎肠球菌、两双歧杆菌和短小芽孢杆菌呈阴性反应,检测乳酸杆菌的灵敏度达6.98 cells/μL。应用建立的方法对241/12d、61/3d、21d、22d、23d、 26d、32d、41d、56d日龄段樱桃谷鸭的气管、食道、十二指肠、空肠、回肠、盲肠和直肠内乳酸杆菌属菌群进行检测结果表明,气管和食道内(logcop/整段)分别为0.00-11.39与0.00-11.39, 十二指肠、空肠、回肠、盲肠、直肠内(logcop/g)分别为0.00-8.95、0.00-10.33、0.00-10.39、 0.00-10.48、0.00-10.61。樱桃谷鸭食道、回肠的检出率较高,肠道各段随日龄的增长菌群含量都有呈下降的趋势,食道、回肠、盲肠、直肠含量相对较高。

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