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油菜抗菌肽基因的生物信息学分析

柯涛  毛晗  董彩华  郭学兰  黄思良  刘胜毅  
【摘要】:本研究利用生物信息学方法对油菜ESTs(expressed sequence tags,ESTs)数据库中596,361条EST序列进行了分析。经过对EST序列的预处理、拼接和对抗菌肽数据库比对,我们已经初步鉴定了油菜中近1000条与抗菌肽基因同源的候选基因,这些基因与25类不同来源的抗菌肽基因同源。通过对这些油菜候选基因功能注释的结果,发现它们来源丰富,分属于核糖体蛋白,几丁质酶,果胶酸裂解酶,半胱氨酸蛋白酶,果胶酯酶家族,蛋白酶抑制剂,PR4家族蛋白,histone h2a,uv诱导蛋白,赤霉素诱导蛋白,硫素,转脂蛋白,植物防御素家族蛋白,具蛋白脂质微粒体(Saposin)B结构域样蛋白,类gip1蛋白,以及未知蛋白等不同家族。其中组蛋白基因92个,转脂蛋白基因176个,硫素蛋白基因380个,防御素基因30个。对其中一个预测新基因进行大肠杆菌的表达和功能验证,结果表明该基因表达产物体外具有对大肠杆菌、藤黄八叠球菌和酵母菌的抗菌活性。分析结果不仅预示着油菜抗病品种中存在丰富的抗菌肽资源,同时也表明可能有更多种类的蛋白参与到抗菌信号传导网络中。

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