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荔枝霜疫霉4个菌株基因组变异特征研究

孔广辉  杨文晟  李雯  习平根  李敏慧  姜子德  
【摘要】:荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii Chen ex Ko et al.)引起的霜疫病是荔枝上的重要病害(蔡学清等,2009),在我国的广东、广西、福建、四川、云南等省份均可严重发生(郑重禄,2015)。为了解荔枝霜疫霉的变异特征,本研究以采自福建和四川的3个菌株(编号FJ8、FJ11和SC1)为材料,采用Illumina二代测序平台对3个地理型菌株进行构建500bp插入文库PE90bp全基因组测序,使用CLC workbench拼接至contigs水平,通过CEGMA和BUSCO对组装结果进行验证,采用从头预测结合转录组数据进行基因结构注释。结合已经测序菌株SHS3数据(Ye et al, 2016),我们构建了4个菌株(FJ8、FJ11、SC1和SHS3)基于基因识别的泛基因组,最终预测出核心基因7981个,附属基因1372个。通过对核心基因和附属基因在分泌蛋白比例和预测效应分子比例统计分析,发现预测效应分子更多集中于附属基因内。同时我们还对这4个菌株基因组的SNP位点和基于基因组位置的插入缺失突变进行比对统计,利用全基因组SNP位点构建4个菌株系统发育树,其中SNP位点对附属基因氨基酸突变的影响和基因组部分位置插入缺失基因功能正在深入研究中。预期结果可以帮助我们从基因组学、比较基因组学和群体遗传学角度了解荔枝霜疫霉的致病特点,为制定荔枝霜疫病的有效防控策略提供理论依据。

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