食用菌基因组综合分析平台

【摘要】：基因组测序是全基因组水平研究食用菌的重要手段。随着基因组测序技术日趋普及,食用菌基因组序列正不断增加。除了本实验室测序的香菇外,双孢蘑菇及平菇基因组亦已测序。不过基因组测序只是了解遗传信息的第一步,接下来的是注释全基因组序列及对个别部分作更深入的分析,并与不同物种的基因组比较。这些生物信息分析工作涉及大量互相关连的数据和电脑编程,往往成为分析基因组序列的瓶颈。为整合各食用菌基因组数据及简化分析,本实验室已建立一个食用菌基因组综合分析平台的初型。作为平台核心的基因组数据库是以Ensembl数据库作基础而建,储存了香菇、双孢蘑菇等食用菌及其它相关的担子菌基因组数据。使用者可透过互联网浏览器浏览及搜索各基因组的注释及相关数据作分析。另一方面,数据库提供一套完备应用程序接口,令编写分析相关基因组的程序更简单方便。为进一步简化食用菌基因组分析,本实验室正研究将生物信息分析工具BioMart及Galaxy整合到现有的基因组数据库,进一步减少使用者编写分析程序的需要。透过简化食用菌基因组分析工作,此平台将会利于研究人员更有效地从食用菌基因组数据中发掘有价值的资料。