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香菇的基因组测序

关海山  区骏恒  王曼真  郭思慧  覃詠恩  覃静  叶沛盈  王建星  郑志强  李蓉蓉  罗晓  邢蕾  李磊  农文燕  黄千里  黄家興  
【摘要】:素有"山珍"之称的香菇,不仅是研究木质素降解、碳元素循环等机制的重要模型,而且具有很高的营养保健功效和药用价值。然而,对这位"菇中皇后"的遗传信息及其调控却知之甚少。基因组测序作为从全基因组水平研究遗传信息的重要手段,不仅为发现功能蛋白、活性小分子及其潜在的代谢途径提供重要信息,同时可为识别重要功能性状的分子遗传标记、改良其栽培菌株提供基础。本实验室使用新一代基因组测序技术,对基因组大小约为40 Mb的香菇完成了测序,并利用最新的生物信息技术对其中的各类功能基因进行了注释和相应的比较分析。同时运用Gene Ontology及KEGG等数据库和相关信息手段,注释并分析了各种代谢及信号通路,进而从全基因组角度建立了调控网络。另外,运用比较基因组学的理论与方法,对已完成基因组测序的蕈菌类进行了比较分析,深入探索蕈菌类子实体的发育调控机制;进一步利用自建的基因表达研究平台,发现并验证了大量与木质纤维素降解、香味产生、β-葡聚糖合成以及子实体发育相关的基因和代谢调控途径。此外,为促进资源共享和信息挖掘,已将香菇的基因组序列及相应分析整合为具有强大基因组分析功能的Ensembl数据库。

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