收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

31种丝状子囊菌基因组序列同源性分析

曾昭清  余知和  
【摘要】:子囊菌是真菌中最大的类群,也是已完成基因组序列测定最多的类群。大量的真菌基因组信息为真菌比较基因组学研究提供了数据。本文利用公开发表的真菌基因组序列,通过安装Standalone Blast软件建立Blastall平台,构建本地基因组数据库。选择包括构巢曲霉(Aspergillus nidulans)、稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)和粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)在内的31种丝状子囊菌基因组作为研究对象,探讨丝状子囊菌基因组序列的同源性。运用Seqverter将构巢曲霉、稻瘟病菌和粗糙脉孢菌的基因组切割为单基因片段作为查询(query)序列,分别与其他丝状子囊菌基因组进行blastn比较,设置E值统计阈值为0.1,用Perl获得比较结果,并根据比较结果的E值大小预测序列同源性。结果表明,A.nidulans与亲缘关系较近的15种散囊菌纲(Eurotiomycetes)真菌匹配基因数量为5179~7747个,其中与曲霉属另外7个种匹配的基因数量为7434~7747个,而与亲缘关系较远的锤舌菌纲(Leotiomycetidae)真菌Botrytiscinerea和Sclerotinia sclerotiorum匹配基因数量分别仅有4318个和4242个,显示同源匹配基因数量的多少可反映子囊菌之间的进化关系,即同源匹配的基因数量越多,亲缘关系越近。A.nidulans的10560个注释基因中仅924个与其他30种子囊菌基因组同时存在匹配序列,E值在10~(-5)~0.1、10~(30)~10~(-5)、10~(100)~10~(-30)、0~10~(-100)范围内都存在匹配序列的基因分别为6个、3个、6个和6个。Clusta1X分析表明,E值10~(-5)~0.1的6组序列和E值10~(-30)~10~(-5)的3组序列均显示变异性过大;E值0~10~(-100)的6组序列过于保守;E值在10~(-100)~10~(-30)之间的6组同源基因序列既具有保守性又存在一定的变异区,可能适合于这31种子囊菌的序列同源性研究。同样由M.grisea和N.crassa基因组与其他30种丝状子囊菌基因组比较得到E值范围在10~(-100)~10~(-30)之间的同源基因8组。利用E值范围在10~(-100)~10~(-30)之间的同源基因序列通过MEGA的UPGMA算法构建的系统树在一定程度上能够反映出31种子囊菌的进化关系。本研究应用生物信息学方法分析真菌同源性基因序列可为子囊菌的系统演化关系、物种分化、生物地理等研究提供参考,也可为真菌DNA条形码的选取及设计提供技术方法和工作基础。

知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 曾昭清;赵福永;Tom Hsiang;余知和;;构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较[J];遗传;2010年11期
2 罗晶,张克勤,蔡磊,凯文·海德;中国大陆淡水真菌研究(英文)[J];华中农业大学学报;2004年01期
3 金静;陈茎;李宝笃;李桂舫;;海洋子囊菌的分类特征[J];莱阳农学院学报(自然科学版);2006年04期
4 董锦艳,张克勤,赵智娴,毕廷菊;杀线虫菌物毒素的研究进展(Ⅰ)[J];中国生物防治;2001年02期
5 路炳声;康瑞娇;岳松涛;梁晨;李新凤;;炭角菌科埋座属的一个中国新记录种[J];菌物研究;2007年04期
6 乔倩;金静;;暗球腔菌属的2个中国新记录种[J];青岛农业大学学报(自然科学版);2011年01期
7 图力古尔,李玉;大青沟自然保护区大型真菌物种多样性的研究[J];吉林农业大学学报;1999年03期
8 刘丽莉;吕国忠;赵志慧;杨晓贺;;Ascotricha bosei—分离自牛皮杜鹃的中国新记录种(英文)[J];菌物研究;2007年01期
9 杨红;姚贤民;吕国忠;刘志恒;孙俊;;从长白山土壤中分离的毛壳菌属Chaetomium真菌(英文)[J];菌物学报;2009年05期
10 王士娟;何宇峰;叶光斌;林英任;;斑痣盘菌科一新种及一中国新记录种[J];菌物学报;2006年01期
11 李成云;李进斌;刘林;杨静;周晓罡;;禾谷镰刀菌和稻瘟病菌基因组中的微卫星序列比较[J];植物保护学报;2005年03期
12 图力古尔,李玉;西藏真菌增补[J];植物研究;2001年02期
13 图力古尔;胡建伟;周忠波;徐彪;;新疆大型真菌新分布[J];塔里木大学学报;2008年04期
14 侯天文;金辉;刘红霞;安德军;罗毅波;;四川黄龙沟优势兰科植物菌根真菌多样性及其季节变化[J];生态学报;2010年13期
15 de Hoog GS;李若瑜;;真菌分类学实验方法[J];国际皮肤性病学杂志;1990年02期
16 刘梅;张鹏;崔晓兰;丁彦博;郑智慧;董悦生;张华;;子囊菌的分离、分布及其生理活性的研究[J];河北大学学报(自然科学版);2006年01期
17 刁立功;金静;罗丽;;山东海岸木生海洋真菌的研究Ⅶ[J];菌物学报;2009年04期
18 陆惠中,王启明,贾建华,白逢彦;秦岭地区子囊菌酵母物种多样性研究[J];菌物学报;2004年02期
19 王冬梅,李多川;四个嗜热真菌中国新记录种[J];菌物学报;2005年01期
20 周启明;魏江春;;子囊菌的一个新目Umbilicariales J.C.Wei & Q.M.Zhou[J];菌物学报;2007年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 曾昭清;余知和;;31种丝状子囊菌基因组序列同源性分析[A];2010年中国菌物学会学术年会论文摘要集[C];2010年
2 刘程斐;王美琴;高俊明;路炳声;;中国部分地区腐生子囊菌的初步鉴定[A];2010年中国菌物学会学术年会论文摘要集[C];2010年
3 苏昊;康冀川;雷帮星;何劲;文庭池;;核糖体RNA基因群对子囊菌形态分类特征及演化关系的研究[A];中国菌物学会第五届会员代表大会暨2011年学术年会论文摘要集[C];2011年
4 刘林;李成云;杨静;业艳芬;李进斌;周晓罡;王云月;朱有勇;;灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成[A];中国遗传学会七届一次青年研讨会暨上海高校模式生物E——研究院第一届模式生物学术研讨会论文汇编[C];2005年
5 金静;陈茎;李宝笃;李桂舫;;海洋子囊菌的分类特征[A];中国菌物学会第二届青年菌物学术讨论会论文集[C];2006年
6 路炳声;康瑞娇;岳松涛;李新凤;;山西蟒河自然保护区炭角菌科的一个中国新记录种[A];第八届海峡两岸菌物学学术研讨会论文集[C];2007年
7 金静;刁立功;李宝笃;;海壳目真菌种类及其生物学特性研究[A];中国菌物学会2009学术年会论文摘要集[C];2009年
8 金静;;两种有趣的子囊菌[A];中国菌物学会第四届会员代表大会暨全国第七届菌物学学术讨论会论文集[C];2008年
9 曾昭清;余知和;;比较基因组学研究方法——真菌基因组比较分析为例[A];基因开启未来:新时代的遗传学与科技进步——湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2009年
10 杨鑫;王红宁;张毅;王霆;曾博;罗昊;周英顺;;一株猪源Asia 1型口蹄疫病毒的全基因组序列测定及比较分析[A];中国畜牧兽医学会家畜传染病学分会第七届全国会员代表大会暨第十三次学术研讨会论文集(上册)[C];2009年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 宋振辉;猪传染性胃肠炎病毒全基因组克隆及N蛋白的表达[D];四川农业大学;2006年
2 卢桂兰;北京地区人偏肺病毒全基因组序列、血清流行率分析及B细胞表位研究[D];北京协和医学院;2009年
3 刘伟;潜在生存优势的乙型肝炎病毒突变株的筛选及肝炎病毒重组的研究[D];复旦大学;2010年
4 张文羿;益生菌Lactobacillus casei Zhang全基因组序列的测定及比较分析[D];内蒙古农业大学;2010年
5 牛宝龙;家蚕(Bombyx mori) triosephosphate isomerase和transformer-2基因的克隆与染色体定位研究[D];浙江大学;2005年
6 王建斌;希瓦氏菌、沙门氏菌和噬菌体T5的全基因组测序与分析[D];浙江大学;2006年
7 张原;SARS冠状病毒的分子进化研究[D];复旦大学;2007年
8 王勇;家蚕bHLH转录因子家族成员鉴定及其基因的电子克隆[D];江苏大学;2008年
9 翁洋;基于Dempster-Shafer证据理论组合基因预测[D];四川大学;2006年
10 张建明;福建省狂犬病流行病学及病毒学特征研究[D];福建医科大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 刁立功;中国部分海域海洋木生海壳目真菌多样性研究[D];青岛农业大学;2009年
2 杨雷;基于序列特征预测蛋白质编码基因及其启动子[D];华中科技大学;2006年
3 吴培培;IBV分离株的生物学特性鉴定及其流行病学分析[D];扬州大学;2008年
4 刘晓磊;原核生物基因组复制起始点的识别与结构分析[D];河北工业大学;2007年
5 杨哲;肠道病毒71型广西分离株全基因组序列测定与分析[D];广西医科大学;2010年
6 冯光惠;基于rDNA ITS-1序列对酿酒酵母属及相关3种子囊菌酵母的系统分类学研究[D];西北农林科技大学;2006年
7 姜敏;浙江淡水真菌分类研究[D];山东农业大学;2008年
8 谢荣;甘肃野生酵母菌遗传多样性研究[D];甘肃农业大学;2007年
9 王庆国;新疆野生酵母的物种多样性及利用研究[D];山东轻工业学院;2007年
10 雷海燕;蓝藻型地衣及其共生念珠藻的分子鉴定和系统发育分析[D];苏州大学;2009年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 王新;昆明植物所首次成功培养地衣型子囊菌[N];农民日报;2007年
2 毛文波;全球合力成功破译杨树基因组序列[N];科技日报;2004年
3 新华社记者 毛磊;鸡的基因组序列草图出炉[N];新华每日电讯;2004年
4 记者 赵静;世界首部藏羚羊全基因组序列图谱绘制完成[N];青海日报;2009年
5 记者 杨阳腾佘颖;世界首张大熊猫基因组序列图谱绘制完成[N];经济日报;2008年
6 欣闻;科学家绘出鸡的基因组序列草图和遗传差异图[N];中国民族报;2004年
7 留美学者,生物化学博士 方舟子;拥有自己的生命之书[N];经济观察报;2007年
8 本版编辑 本报记者  吴迎春 本报记者  余建斌 本报记者  曲昌荣 晓凤;基因能否支配你的人生?[N];人民日报;2006年
9 记者 毛磊;黑猩猩基因组序列草图完成[N];新华每日电讯;2003年
10 记者 毛磊;首批海洋细菌基因组序列图[N];新华每日电讯;2003年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978