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银耳密码子偏好性分析

黄晓星  谢宝贵  
【摘要】:本研究采用RNAiso Reagent试剂盒提取银耳Tremella fuciformis芽孢总RNA,Oligotex mRNAPurification Kit精制总RNA得到mRNA,利用cDNA Synthesis Kit将mRNA反转录合成双链cDNA,将经过CHROMA SPIN+TE-1000去短片段的cDNA与载体pBluescriptⅡSK(+)连接,通过电转化(1.5KV,200Ω,25μF)导入宿主细胞大肠杆菌DH10B中,构建了库容约为7.5×10~6cfu的银耳芽孢cDNA文库。随机抽取部分阳性克隆进行测序,共获得80条银耳芽孢蛋白编码序列(coding DNA sequence,CDS),CDS的G+C含量为59.02%,其中密码子第三位碱基的G+C含量高达69.72%,说明银耳蛋白编码基因偏爱以G或C结尾的密码子。通过两种密码子在线分析软件CodonW和CUSP对80条CDS进行分析,统计了银耳密码子的同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon,RFSC),确定了银耳蛋白编码基因的17个高频密码子,为外源基因在银耳细胞中高效表达提供密码子优化的理论依据。比较银耳与人Homo sapiens、果蝇Drosophilamelanogaster、小鼠Mus musculus、水稻Oryza sativa、拟南芥Arabidopsis thaliana、大肠杆菌Escherichia coli、酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae等7种模式生物以及两种食用真菌香菇Lentinula edodes、平菇Pleurotusostreatus的密码子使用频率(1/1000)和CDS G+C含量。结果表明,银耳与其他生物的密码子使用偏好性存在不同程度的差异。

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