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利用基因富集及元分析初步筛选影响肝癌发生发展的关键基因

曹骥  卢晓旭  胡艳玲  李瑗  朱伶群  杨春  唐艳萍  欧超  张春燕  
【摘要】:目的从大量的肝癌相关基因芯片数据中筛选出影响肝癌发生发展的关键基因。方法运用跨种属肿瘤基因筛选策略比较不同种属的肝癌基因表达谱间的相似改变,选择5套不同种属的肝癌基因表达芯片分别通过基因组富集(GSEA)、元分析(META-analysis)以及对单套数据集单个基因META的分析方法,筛选出在转录水平上影响肝癌的基因。结果用GSEA方法分析,5组数据中所得通路对比,上调中皆有的通路为氨基糖核苷酸糖代谢、细胞周期、甲状腺癌;下调中皆有的通路为亚油酸代谢、花生四烯酸代谢。对单套数据集单个基因进行META分析,共筛出P值小于0.05的基因1708个。用DAVID和KEGG网站的分析工具发现这1708个差异基因中有720个基因能够在KEGG库中筛出,主要分布在细胞周期、卵母细胞减数分裂、DNA复制等通路。这两种分析方法得出的通路中,重叠性较高的主要为细胞周期通路。对每套数据集中细胞周期通路的基因进行META分析,得到差异性有统计学意义(P0.05)的基因25个。结论可能影响肝癌发生发展的信号传导通路是细胞周期通路,后续我们将对细胞周期通路里的显著性基因进行验证。

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