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基于阿里云平台的蛋白质分析软件pFind-Cloud

牛秀南  王振振  徐心仪  迟浩  王乐珩  刘超  孙瑞祥  贺思敏  
【摘要】:随着质谱仪灵敏度、质量精度和数据采集速度的不断提高,质谱鉴定软件也愈加复杂,对计算资源的要求也越来越高,价格高昂的计算设备让许多中小型实验室对高通量蛋白质组学研究望而却步[1,2]。为降低质谱研究的门槛,帮助更多人随时随地开展研究工作,本文基于阿里云平台开发了用于处理串联质谱数据的pFind[3,4]网络版:pFind-Cloud。pFind-Cloud主要包含数据上传、数据共享和数据处理三个模块,如图1所示。其特点主要有:(1)任何操作系统均可使用,拥有独立于单机的大量计算资源。(2)支持定性、一级谱定量以及二级谱定量分析,为不同需求的用户提供不同资源配置的工作流程。(3)具有数据存储、传输、分享,任务调度,进度监控以及结果展示等多项功能。本文使用pFind-Cloud的并行工作流在~31小时内分析鉴定了~2TB的人类蛋白质组草图数据,共2,203个Raw文件,相比于串行工作流或者单机版本加速~13倍,有效提高了质谱鉴定的速度。

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9 吴志军 郝成涛;我科学家荣获首届“国际蛋白质组学成就奖”[N];科技日报;2009年
10 郝成涛;贺福初荣获国际蛋白质组学成就奖[N];中国医药报;2009年
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