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质心收缩正则判别分析法在代谢组学数据分析中的应用

陈晨  张志敏  欧阳梅兰  刘鑫波  易伦朝  梁逸曾  
【摘要】:代谢组学研究中的数据大多通过核磁共振气相色谱质谱联用或液相色谱质谱联用等分析仪器所获得,所得的这些数据的结构通常都是高维复杂的。本文将新近提出的质心收缩正则判别分析法(SCRDA)用于代谢组学数据分析。通过对类内协方差矩阵的正则化估计,SCRDA可以解决线性判别分析法(LDA)存在的奇异性问题,此外用收缩估计进行变量的选择。通过一个模拟数据集和两个真实的复杂代谢组学数据集进行分析,与正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA),惩罚线性判别分析法(PLDA)和最近收缩质心法(NSC)进行了比较。所得结果表明SCRDA在变量选择和分类预测方面优于其他方法。此外,SCRDA筛选出的生物标记物和生化研究结果一致。

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