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Force Field Development for Zinc Protein from QM/MM Force Matching:A Short-Long Effective Function Strategy to Model Zinc Interactions in Metalloproteins

【摘要】:正Zinc-containing proteins play essential roles in many biological processes.There are currently over 8000 structure hits for zinc-containing proteins with searching "zinc" in the Protein Data Bank(PDB),which constitute ~10% of the total structures in PDB.However,modeling the Zn-Ligand coordination interaction in zinc protein is a well-known challenge due to the inherent flexibility feature of zinc coordination

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