收藏本站
收藏 | 论文排版

Systematically analyze and select key features to microRNA precursors identification based on random forests

李梦龙  
【摘要】:正MicroRNAs are kind of short non-coding RNAs about 22nt in length,playing considerable part in many biological processes,which are developed from longer precursors.Large amount of miRNAs have been discovered using experimental and computational measures in recent ten years. In particular,the improvement of computational technologies has made the identification task easier and more efficiency.Previously,hundreds of variables describing pre-miRNAs have come out in relative researches.Whereas,they have not been accumulated together undergoing any systematically analysis or feature selection studies.Our study aims at feature selection and systematically analysing various features for miRNAs identification,which can be necessary complementarities of previous work in this field.In this article,we extracted a total of 84 representative features occurred in researches of miRNAs classification,which were then organized into three single sets,namely,NET,STRUC,and THERMO,as well as a combined set of these features,called TOTAL.Significant features were selected from NET,STRUC,THERMO,and TOTAL using permutation importance measures.Subsets of selected features were used to develop RF models,achieving AUC values of 0.949,0.934,0.936,and 0.944 for NET,STRUC,THERMO, and TOTAL subsets based on testing datasets.The features derived from complex network showed a better performance in the prediction of miRNAs.The results also demonstrate that the selected features are significant and informative in reflecting the character of pre-miRNAs.The feature selection results are invaluable in understanding biological mechanism and function of miRNAs for further researches.

知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 陈鑫;王恩多;;来源于tRNA的小分子RNA——降解碎片还是新的调控分子[J];生物化学与生物物理进展;2011年08期
2 满朝来;于晓龙;;浅谈microRNA在动物细胞和病毒间的调控作用[J];中国农学通报;2011年20期
3 何沉峰;;Pre-microRNA非螺旋片段研究[J];安徽农业科学;2011年22期
4 李佩尧;贺福初;周钢桥;;人microRNA相关的遗传变异与肿瘤[J];遗传;2011年08期
5 陈励藻;程雯;蔡在龙;;微RNA在炎症致癌化中的作用[J];生命的化学;2011年04期
6 梁春联;朱华;黄澜;许艳峰;邓巍;马春梅;刘颖;秦川;;MicroRNA-153对靶基因下游信号分子GSK-3β表达水平及细胞抗损伤能力的影响[J];中国比较医学杂志;2011年08期
7 ;[J];;年期
8 ;[J];;年期
9 ;[J];;年期
10 ;[J];;年期
11 ;[J];;年期
12 ;[J];;年期
13 ;[J];;年期
14 ;[J];;年期
15 ;[J];;年期
16 ;[J];;年期
17 ;[J];;年期
18 ;[J];;年期
19 ;[J];;年期
20 ;[J];;年期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李梦龙;;Systematically analyze and select key features to microRNA precursors identification based on random forests[A];第十一届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2011年
2 李炯;段德民;郑克孝;;新型非标记高通量microRNA芯片技术[A];第一届全国生物物理化学会议暨生物物理化学发展战略研讨会论文摘要集[C];2010年
3 王俊峰;李巍;吴小江;阮康成;;大鼠附睾microRNA表达谱的研究[A];第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集[C];2009年
4 蒋义国;刘斌斌;;毒理学中的microRNA研究[A];广东省环境诱变剂学会、广东省预防医学会卫生毒理专业委员会2010年学术会议资料汇编[C];2010年
5 巩丽颖;孙开来;;两种microRNA在先心病心肌组织中的表达[A];中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会论文摘要汇编[C];2011年
6 徐晨;鲍坚强;李定;郭强苏;;microRNA-449在小鼠精子发生过程中的作用研究[A];中国解剖学会2011年年会论文文摘汇编[C];2011年
7 江建霞;蒋晶晶;曹家树;;白菜花粉发育及授粉受精过程相关microRNA筛选及验证[A];中国园艺学会2011年学术年会论文摘要集[C];2011年
8 刘娜;杨景华;张明方;;嫁接西瓜microRNA的鉴定以及表达差异研究[A];中国园艺学会2011年学术年会论文摘要集[C];2011年
9 李鸿;屈晶晶;王睿;盛春君;程晓芸;王吉影;苏斌;柴尚玉;曲伸;;体外培养胰岛的microRNA表达谱及功能研究[A];中华医学会第十次全国内分泌学学术会议论文汇编[C];2011年
10 王国坤;朱嘉琦;荆清;秦永文;;缺氧刺激影响心肌细胞释放microRNA[A];第十三次全国心血管病学术会议论文集[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王雷;胰管内乳头状粘液性肿瘤:临床特征与microRNA的差异表达[D];第二军医大学;2010年
2 崔熠;microRNA在砷致胚胎发育毒性中的作用机制研究[D];北京协和医学院;2011年
3 朱海涛;乙肝相关肝细胞癌FFPE组织及血清中microRNA表达及其与肝癌预后的研究[D];复旦大学;2011年
4 王镇;食管黏膜鳞状上皮癌变相关microRNA的研究[D];北京协和医学院;2011年
5 侯晋;microRNA在病毒感染和肝细胞癌中的作用及相关机制研究[D];清华大学;2010年
6 骆黎静;人卵巢癌干细胞的分离、鉴定及其特异性microRNA的筛选[D];北京协和医学院;2011年
7 于曼丽;Let-7d对血管平滑肌细胞增殖调控的研究[D];第二军医大学;2011年
8 陈勇;microRNA-200c在胃癌SGC7901/CDDP细胞中的作用及其机制的研究[D];河北医科大学;2011年
9 于琦;雄激素受体在乳腺癌中表达意义和相关microRNA筛选的研究[D];天津医科大学;2010年
10 翁春华;血管生成素特异microRNAs的鉴定与功能分析[D];浙江大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 宋永站;microRNA-200c对ZEB1表达影响及对肿瘤细胞侵袭迁移作用[D];江苏大学;2010年
2 胡德亮;microRNA-19b在P19细胞向心肌细胞分化中的作用[D];南京医科大学;2011年
3 曲婷;基于生物信息学方法的H1N1流感病毒致病及传播特性研究[D];吉林大学;2010年
4 吕赛群;基于microRNA调控靶向肿瘤细胞的溶瘤腺病毒的研究[D];浙江理工大学;2010年
5 张秀梅;韧带成纤维细胞成骨分化过程microRNA、mRNA和蛋白表达谱分析[D];济南大学;2011年
6 孙佃臣;低磷胁迫响应microRNA及靶基因的克隆和大豆遗传转化研究[D];中国农业科学院;2011年
7 吉娜;自发性高血压大鼠肥厚心肌和纤维化肾脏组织中microRNA-21的表达[D];中国医科大学;2010年
8 陈娟;靶向Livin的microRNA干扰对人卵巢癌细胞SKOV3体外作用的研究[D];河北医科大学;2010年
9 梅林;卡氏肺孢子菌MSG-UCS基因microRNA表达载体的构建和鉴定[D];重庆医科大学;2010年
10 孔飞飞;靶向YB-1基因的MicroRNA对乳腺癌MDA-MB-231细胞恶性生物学行为的影响[D];重庆医科大学;2011年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 陈英云 乔蕤琳;哈医大成功研发国内首例microRNA转基因及敲减小鼠模型[N];黑龙江经济报;2010年
2 记者 朱敏丽;医药城创新牛奶检测技术[N];泰州日报;2010年
3 记者 许晓惠;乳品中微小核糖核酸科研成果公布[N];中国食品质量报;2010年
4 衣晓峰;哈医大发现心肌肥厚发生发展新机制[N];中国医药报;2010年
5 本报记者 何屹;你到底打了几份工?[N];科技日报;2010年
6 通讯员 肖鑫 记者 陈青;发现肝癌预防判断潜在靶标[N];文汇报;2011年
7 特约记者 肖鑫 记者 唐先武;我科学家提出肝癌预防判断与治疗新的潜在靶标[N];科技日报;2011年
8 记者 魏公铭;科技为乳品质量再设防线[N];中国食品报;2010年
9 编译 姚春霞;能杀死癌细胞且对健康细胞无害的病毒[N];医药经济报;2009年
10 陈惠芬;肝癌复发 哪些人对干扰素治疗敏感[N];健康报;2009年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978