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6种帘蛤科贝类18SrRNA基因全序列比较分析

程汉良  彭永兴  孟学平  阎斌伦  董志国  
【摘要】:帘蛤科(Veneridae)在传统分类上隶属于软体动物门(Mollusca)、双壳纲(Bivalvia)、帘蛤目(Venerioda)。帘蛤科是双壳贝类中最大的一个科,约有500多种,广泛分布于世界海域,是潮间带区系的优势种类,很多具有重要的商业价值。帘蛤科种类多,形态变异大, 过去主要依靠比较形态学进行分类,世界各国学者对其分类系统的安排和系统演化问题所持观点不尽相同,争议颇多,这些争议由于缺乏遗传方面的研究而难以得到解决。近年来分子生物学技术的发展为探讨生物系统演化关系提供了一条新的途径。本试验以文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、江户布目蛤(Protothaca Jedoensis)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata)、紫石房蛤(Saxidomus purpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)为研究对象,取后闭壳肌提取基因组 DNA,采用3对特异性引物对其18S rRNA 基因全序列进行 PCR 扩增和测序,并对18S rDNA 全序列进行生物信息学分析。以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这了序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。研究结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA 基因序列全长分别为1900bp、1838bp、1831bp、1831bp、1829bp 和1833bp,上述序列已提交 GenBank,登录号为 EF426289-426294。使用 DNAStar 中的 MegAlign 软件,采用 Clustal W 方法对上述序列进行比对分析,结果表明:镜蛤与江户布目蛤的序列相似百分比最高为99.6%, 文蛤与菲律宾蛤仔的序列相似百分比最低为89.3%。以18S rRNA 基因全序列为标记,用异韧目、波浪蛤科的 Lyonsia floridana(GenBank 登录号 AF120540)作外群,采用 MEGA 软件构建了帘蛤科贝类的系统发生树,其拓扑结构显示镜蛤与江户布目蛤首先聚在一起,接下来先后聚在一起的分别是菲律宾蛤仔、紫石房蛤、青蛤、文蛤,最后所有帘蛤科物种聚为一枝, 与外群相区别,其结果与传统形态分类基本一致,说明18S rRNA 基因序列适合作为该科贝类系统发育研究的分子标记。

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