合浦珠母贝基因组微卫星的分离及其序列特征分析

【摘要】：采用(CA)_n生物素标记探针以及磁珠富集法构建了合浦珠母贝(Pinctada fucata)的基因组微卫星富集文库。随机挑选1289个克隆,用载体通用引物和探针引物进行 PCR 筛选,最终确定候选克隆357个(27.6%),测序结果表明,有343个克隆含有明显的微卫星重复单元,通过序列比对分析,最终获得了292个具有特异微卫星序列的阳性克隆。获得的微卫星序列长度范围是119bp-901bp,平均为393bp。其中两碱基(CA/GT)重复单元出现的次数最多,占所有分离的微卫星数目的94.9%,此外还发现(CT)_n、(GA)_n、(AT)_n、(GC)_n、 (CAA)_n、(GTT)_n、(AAG)_n、(GACA)_n、(GGGT)_n、(GTGA)_n、(GTTT)_n、(AAAT)_n 等多种重复类型,共占检测到的微卫星数日的5.1%。微卫星的重复次数主要集中在4-12次,占90.8%, 最高为25次。在获得的微卫星序列中,完全型序列有108条(37.0%),不完全型序列有93 条(31.8%),复合型序列有91条(31.2%)。本研究将为合浦珠母贝遗传图谱的构建提供大量的微卫星标记。