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SRAP与TRAP标记技术在紫菜遗传多样性检测及种质鉴定中的应用

乔利仙  刘宏宇  翁曼丽  戴继勋  王斌  
【摘要】:相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)与靶位区域扩增多态性(target region amplification polymorphism,TRAP)是根据基因组内普遍存在的开放阅读框(open reading frames,ORFs)设计特殊的引物,通过简单的梯度 PCR 反应产生多态性。SRAP 标记在基因组内呈随机分布;而 TRAP 标记在一定程度上与其固定引物设计所采用的 EST 序列相关。本研究首次将这两种标记技术成功应用于紫菜遗传多样性检测和种质鉴定。建立了适合于紫菜 SKAP 与 TRAP 分析的 PCR 反应体系和反应条件,利用所建立的体系对16个紫菜系进行了遗传多样性分析,构建了这些紫菜系的聚类图和 DNA 指纹图。两种标记方法所产生的多态性比例均在98%以上。聚类分析所产生的进化树基本一致,在 0.68和0.71相似系数水平上,均把这些紫菜系分成两大类,一类包括坛紫菜;另一类包括条斑紫菜和少精紫菜,分类结果与传统分类相吻合。分别选用两对引物所扩增的11~12个标记,构建了这些紫菜系的 SRAP-DNA 和 TRAP-DNA 指纹图谱:在该指纹图谱中,每个紫菜系都有其特异的指纹模式,能很容易地与其它紫菜系区分开来。根据 DNA 指纹图谱开发出计算机应用软件 PGI-SRAP 和 PGI-TRAP(Porphyra germplasm identification developed by SRAP and TRAP method),可以辅助进行紫菜系的种质鉴定。

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