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糙刺参(Stichopus horrens)线粒体基因组及一种新的基因排列顺序

范嗣刚  胡超群  文菁  张吕平  
【摘要】:线粒体基因组序列在后口动物进化研究中有着重要的作用.本研究使用PCR方法获得糙刺参(Stichopus horrens)线粒体全基因组序列.该序列全长16257 bp,包含13个蛋白编码基因,22个tRNA基因和2个rRNA基因.除了一个蛋白编码基因(nad6)和5个tRNA基因(tRNA~(Ser(UCN)),tRNA~(Gln),tRNA~(Ala),tRNA~(Val),tRNA~(Asp)在轻链上编码外,其余的基因都在重链上编码.糙刺参线粒体重链碱基有30.8%A,23.7%C,16.2%G,和29.3%T构成.假定的线粒体控制区长675 bp.基因间间隔碱基长1~50bp,共227 bp.11个基因间有重叠碱基,长1~10 bp,共25 bp.13个蛋白编码基因起始密码子均为ATG,终止密码子大多为TAA(nad3和nad4的为TAG).亮氨酸编码频率最高(16.29%),随后是丝氨酸(10.34%)和苯丙氨酸(8.37%).所有的22个tRNA基因均能折叠成三叶草结构.通过和其他4种海参的线粒体基因排列顺序比较,本研究发现糙刺参的线粒体基因排列顺序是一种新的排列方式.

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