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基于ITS条形码序列的唐古特大黄遗传多样性分析

马晓冲  宋经元  辛天怡  姚辉  林余霖  韩建萍  
【摘要】:通过克隆ITS序列对四川若尔盖白河牧场栽培的唐古特大黄进行序列比对和基因组内、基因组间的变异分析,为大黄属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础。本研究收集29个唐古特大黄叶片样本,采用植物基因组DNA提取试剂盒进行DNA提取,扩增并克隆ITS序列进行双向测序,获得102条ITS克隆序列。所得序列经CodonCodeAligner拼接后,去掉低质量序列及引物区,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间K2P距离,并构建NJ树。结果表明,唐古特大黄ITS序列G+C含量为57.00%-67.51%。29个样品基因组内平均K2P距离范围从0.000-0.2245,有69.0%的样品基因组内序列变异较小,有4个样品基因组内序列变异极大,最高达0.2245±0.1119。基因组间平均K_2P遗传距离值为0.1198±0.0714,31%的样品基因组内的遗传距离大于或接近基因组间的遗传距离。NJ树显示,102条克隆序列聚成两个大支,基因组内变异丰富。因此,ITS序列作为条形码为唐古特大黄遗传多样性分析提供了新的技术手段,显示出唐古特大黄基因组内存在丰富的遗传变异。

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