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基于多核计算机的分子动力学并行算法的实现

焦龙  郭亚红  纪守领  李金宝  
【摘要】:在分子动力学模拟的应用中,现有串行程序的性能在多核CPU中没有明显提高。本文以机群上的并行算法为基础,提出了一种基于多核的并行算法一空间一粒子均匀分配算法。该算法不仅保证每个CPU内核的负载均衡,而且避免粒子更新过程中的互斥,实验表明该算法并行效率可以达到80%以上。

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