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基于高通量测序的虹鳟肝脏转录组SNP位点分析

赵桂研  
【摘要】:本实验采用二代Illumina Hiseq~(TM)4000测序平台对虹鳟的肝脏组织进行了转录组测序,通过高通量测序技术结合生物信息学分析的方法,对虹鳟转录组水平上的SNP标记进行了统计分析。主要分析结果如下:通过对SNP类型分析发现,OM-CL(对照组)中转换类型占53.96%,颠换类型占46.04%;OM-HL(热处理组)中转换类型占55.38%,颠换类型占44.62%,转换类型高于颠换类型,并且在转换类型中,C-T发生频率高于A-G发生频率,OM-CL与OM-HL中的C-T分别为29.26%、30.18%,A-G分别为24.70%、25.20%。OM-CL与OM-HL中SNP类型及其发生频率基本一致,且OM-CL与OM-HL中相对应的同一SNP类型数量之比约1∶1。本研究所获得的SNP信息可为今后进行虹鳟分子标记的开发提供基础数据。

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