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6种帘蛤科贝类18SrRNA基因全序列比较分析

程汉良  彭永兴  王芳  孟学平  阎斌伦  董志国  
【摘要】:对文蛤(Meretrixmeretrix)、青蛤(Cyclinasinensis)、江户布目蛤(ProtothacaJedoensis)、薄片镜蛤(Dosiniacorrugata)、紫石房蛤(Saxidomuspurpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapesphilippinarum)6种帘蛤科贝类的18SrRNA基因全序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18SrRNA基因序列全长分别为1900bp、1838bp、1831bp、1831bp、1829bp和1833bp,序列中A、T、C和G碱基的平均含量分别为24.0%、24.0%、24.2%和27.8%。用MEGA软件对6物种18S基因全序列进行了分析,对位排列后的总长度1906bp,其中变异位点210个,简约信息位点28个,si/sv=1.4(46/32)。从GenBank下载了7种帘蛤科贝类18S全序列,与本研究实测的6种一起用MegAlign软件对其18S序列进行了比对,物种间序列相似百分比88.7%-99.7%,其中,薄片镜蛤与Venusverrucosa最高为99.7%;文蛤与Periglyptalisteri最低为88.7%。文蛤与其他12物种间序列差异较大,序列差异百分比均超过了10%,其他各物种间序列差异百分比不超过3%。以异韧带亚纲(Anomalodesmata)笋螂目(Pholadomyoida)的Lyonsiafloridana和Cardiomyacostellata为外群,采用相邻连接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示雪蛤亚科(Chioninae)、帘蛤亚科(Venerinae)和镜蛤亚科(Dosiniinae)的种类首先聚在一起形成一个聚类簇:缀锦蛤亚科(Tapetinae)、卵蛤亚科(Pitarinae)、仙女蛤亚科(Callistinae)、青蛤亚科(Cyclininae)和文蛤亚科(Meretricinae)的种类先后分别单独聚成一枝;最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,说明18SrDNA序列适合作为帘蛤科系统发育研究的分子标记。

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