剪接比对软件sim4的并行化研究与实现

【摘要】：随着人类基因组测序的完成,将序列比对到基因组序列之上成为研究序列功能结构的一种重要方法。sim4 程序是目前比较流行的序列剪接比对工具之一。但在全基因组范围内进行比对时程序花费时间较长,文章讨论了不同的并行化方案并对sim4程序进行了优化及并行化,空验测试证明该方法可获得较好的运行性能。

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中国期刊全文数据库

前20条

1	邱建雄,邹刚,赵红兵,陈翔;基于划分的数据仓库查询归并技术及其应用[J];计算机应用;2003年09期
2	熊忠阳,孙思,张玉芳,王秀琼;一种基于划分的不同参数值的DBSCAN算法[J];计算机工程与设计;2005年09期
3	周英飚;;通用无共享数据库集群研究与实现[J];计算机工程与应用;2007年32期
4	李新颖;李晓明;;HPF——FORTRAN最新版本[J];计算机科学;1996年02期
5	丁强 ,臧斌宇 ,朱传琪;基于指针数组的数据划分模式[J];计算机工程与应用;2005年27期
6	杨小虎;王新宇;毛明;;基于数据划分的分布式模型及其负载均衡算法[J];浙江大学学报(工学版);2008年04期
7	周晓云;孙志挥;张柏礼;;一种大规模高维数据集的高效聚类算法[J];应用科学学报;2006年04期
8	冯少荣;肖文俊;;一种提高DBSCAN聚类算法质量的新方法[J];西安电子科技大学学报;2008年03期
9	华铨平;;面向数据特征的分布式数据挖掘研究[J];计算机工程与设计;2010年06期
10	王永利,徐宏炳,董逸生,钱江波,刘学军;一种基于采样的并行电力负荷数据流划分方法(英文)[J];Journal of Southeast University;2005年03期
11	彭嵩松;刘波勇;;基于并行算法的生命游戏分解策略的性能分析[J];井冈山学院学报(自然科学版);2005年03期
12	尹建君;王乐;;数据划分优化的并行k-means算法[J];计算机工程与应用;2010年15期
13	于秀霞,赵建平;分布式数据库直接连接查询优化算法的研究[J];长春理工大学学报;2005年03期
14	曹忠升;杨良聪;唐曙光;;基于热点内容的动态数据调整方法[J];计算机工程与应用;2006年19期
15	柳锴;唐雨新;张云泉;李玉成;;基于机群架构的并行数据库实现技术研究[J];计算机工程与设计;2008年03期
16	林姿琼;黄伟婷;;改进的DBSCAN空间聚类算法研究[J];漳州师范学院学报(自然科学版);2009年01期
17	张晓伟;谢强;陈伟;;基于划分和孤立点检测的审计证据获取研究[J];计算机应用研究;2009年07期
18	丁强,臧斌宇,朱传琪;一种动态分布数组的数据划分模式[J];计算机工程与设计;2005年05期
19	夏军,杨学军;基于数据空间融合的全局计算与数据划分方法[J];软件学报;2004年09期
20	张爱文,王宇颖;基于查询优化的并行数据库自动数据划分设计[J];哈尔滨师范大学自然科学学报;2004年05期

中国重要会议论文全文数据库

前10条

1	张雯;骆志刚;赵翔;王金华;靳新;;剪接比对软件sim4的并行化研究与实现[A];2006年全国开放式分布与并行计算学术会议论文集（一）[C];2006年
2	郑启龙;房明;汪胜;王向前;吴晓伟;王昊;;基于MapReduce模型的并行科学计算[A];2009年全国开放式分布与并行计算机学术会议论文集(上册)[C];2009年
3	周静;周海芳;唐玉华;;多模遥感图像高精度配准并行算法研究与实现[A];图像图形技术研究与应用2009——第四届图像图形技术与应用学术会议论文集[C];2009年
4	杨懿;吴炜煜;王昌立;;建筑工程协同图形编辑系统的研究与实现[A];第一届建立和谐人机环境联合学术会议（HHME2005）论文集[C];2005年
5	吴丽娟;郑冕;张彩明;;四边形网格划分过程中的边界处理[A];计算机技术与应用进展——全国第17届计算机科学与技术应用（CACIS）学术会议论文集（下册）[C];2006年
6	刘惠;邱天爽;;基于模糊集理论和信息增益分析技术的分类算法[A];第十一届全国信号处理学术年会（CCSP-2003）论文集[C];2003年
7	晏子飞;唐世渭;杨冬青;关涛;;COBASE中Long型数据的管理[A];第十一届全国数据库学术会议论文集[C];1993年
8	张玉红;胡学钢;刘晓平;;基于分类子格融合的概念格分布式分类方法[A];2007年全国开放式分布与并行计算机学术会议论文集(上册)[C];2007年
9	李朝鹏;李肯立;;基于分层聚类的并行数据预处理算法[A];2007年全国开放式分布与并行计算机学术会议论文集(下册)[C];2007年
10	华雯;王琰;陈跃国;陈晋川;杜小勇;;一个基于演化聚类的RDF数据管理系统[A];NDBC2010第27届中国数据库学术会议论文集(B辑)[C];2010年

中国博士学位论文全文数据库

前7条

1	龚卫华;数据库集群系统的关键技术研究[D];华中科技大学;2006年
2	闫昭;程序并行识别方法及应用研究[D];吉林大学;2009年
3	陈永恒;基于CMP的高性能数据库查询优化算法的研究[D];吉林大学;2012年
4	王乐;短语消息聚类相关技术研究[D];国防科学技术大学;2008年
5	吴科;基于机器学习的文本分类研究[D];上海交通大学;2008年
6	吴超;信息检索中top-k问题的并行算法及优化研究[D];中国科学技术大学;2011年
7	马红途;OpenMP程序分析及优化技术研究[D];解放军信息工程大学;2009年

中国硕士学位论文全文数据库

前10条

1	黄河;数据库加速引擎加速方案研究[D];华中科技大学;2006年
2	高伟峰;数据挖掘中关联规则的研究及应用[D];武汉理工大学;2006年
3	于秀霞;分布式数据查询优化算法的研究与探讨[D];长春理工大学;2005年
4	柳小青;税收征管系统中数据复制技术研究与实现[D];重庆大学;2007年
5	胡斌;基于网格技术的分布式空间数据挖掘算法研究[D];中南大学;2008年
6	段雄文;两种划分模式下多维索引的研究[D];华中科技大学;2006年
7	侯潇;海量数据处理中基于数据划分的查询优化研究与实现[D];国防科学技术大学;2007年
8	张雯;跨物种全基因组剪接比对快速算法设计与实现[D];国防科学技术大学;2006年
9	王攀;基于Out-of-Core的海量数据等值面绘制技术研究与实现[D];国防科学技术大学;2008年
10	解晓敏;最小最大模块化支持向量机数据划分及其应用研究[D];南京邮电大学;2012年

中国重要报纸全文数据库

前4条

1	;保证磁盘备份性能的关键[N];网络世界;2007年
2	赵志娟;Diligent HyperFactor保证数据完整性[N];中国计算机报;2008年
3	连达·柏勤;信息安全有赖员工竭诚参与[N];计算机世界;2008年
4	本报记者杨霞清;11g 横空出世数据库市场再添变数[N];计算机世界;2007年

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