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西伯利亚蓼几丁质酶基因Class IV的克隆及生物信息学分析

刘关君  刘昌财  刘明坤  魏志刚  刘桂丰  
【摘要】:根据西伯利亚蓼抑制消减文库(SSH)中获得的几丁质酶(CHI)基因的部分序列,采用RACE技术克隆了具完整编码区的cDNA序列,基因全长1 017 bp,开放阅读框编码270个氨基酸。序列分析表明,该基因的编码蛋白(PsCHI1)以前体形式存在,N端分别有22个氨基酸的信号肽和35个氨基酸的几丁质结合域(chitin binding domain,CBD),C端199个氨基酸为催化区(catalytic domain,CD),连接CBD与CD的14个氨基酸为可变交联区(variable hinge domain, VHD),成熟蛋白为不含信号肽部分,呈碱性,带正电荷。PsCHI1与所选其它植物classⅣCHI前体序列具有高度的同源性(为53~69%),而与classⅠ和classⅡCHI的氨基酸序列同源性较低,推测为植物classⅣCHI;根据日本水稻(Oryza.Sativa L.Japonica)CHI晶体结构构建了PsCHI1三维分子模型,分析显示PsCHI1可以识别比classⅠ和classⅡCHI短的几丁质片段,并以其它植物CHI的已知结构域和功能为基础,确定PsCHI1具有能够水解真菌细胞壁的结构,推测其可能有抗病原微生物的功能。

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