收藏本站
收藏 | 论文排版

来自于Clostridium difficile中的唾液酸醛缩酶的蛋白质晶体学研究

刘卫东  陈曦  崔云凤  冯进辉  郭瑞庭  吴洽庆  朱敦明  
【摘要】:唾液酸醛缩酶(NAL Sialic acid aldolase,EC 4.1.3.3)在生物体内可逆地催化N-乙酰-d-神经氨酸(Neu5Ac)的裂解而生成N-乙酰-d-甘露糖胺(ManNAc)和丙酮酸,从而参与糖类降解途径;在有机合成化学中,NAL通常用来催化丙酮酸与糖醛的羟醛缩合反应,因而有较好的应用前景。本实验室经过基因数据库发掘,从Clostridium difficile获得一个唾液酸醛缩酶(CdNAL),该有很好的酶活力以及相对较高的热稳定性,70 ° C下活力半衰期达到是4.5 h。为研究该酶的催化反应机理及热稳定性特征,并为对其进一步改造研究提供理论依据,我们对该酶进行了表达纯化及晶体培养工作。在晶体培养中,我们使用Hamptonresearch试剂盒进行结晶条件筛选,并在后续使用自配试剂对结晶条件进行了优化。经过这些优化工作,我们获得了该酶分别和催化反应的底物供体ketobutyric以及受体N-acetyl-D-mannosamine共结晶的的晶体,结晶条件为25℃,结晶方法为气相扩散悬滴法,结晶沉淀剂为:0.1 M pH 5.6 NaAc,7%PEG8000,5%glycerol,所用蛋白浓度为7.5–10 mg/ml,共结晶时使用的配体终浓度均为10 mM,在上述条件下培养2-3天后能获得块状晶体。获得的较好晶体在台湾国家同步辐射研究中心(NSRRC)BL13B1线站进行了衍射数据收集,数据收集时使用的防冻剂为在沉淀剂中添加终浓度为:0.1 M pH5.6 NaAc,7%PEG8000,5%glycerol,10%PEG400。和ketobutyric共结晶在晶体数据能收集到2.15?,其空间群为P_(21),参数a=81.8?,b=122.6?,c=122.1?,α=90 °,β=95.72 °,γ=90°,独立衍射点为120931(11863),数据完整度为99.8%(99%),Rmerge为9.8%(49.6%);和N-acetyl-D-mannosamine共结晶在晶体数据能收集到1.95?,其空间群为P_(21),参数a=81.4?,b=121.6?,c=121.1?,α=90 °,β=96.12 °,γ=90°独立衍射点为169123(16732),数据完整度为99.6%(99%),R_(merge)为6.2%(51.5%)。所采集数据均用HKL3000处理,以来源于Haemophilus influenzae的唾液酸醛缩酶结构(PDB ID:1f74)做模板,利用分子置换解析出了这两个结构的相位,两个结构均为8聚体。后续经Coot、Refmac、CNS进行了主链搭建、加水、配体及结构优化。模型优化结果为:和ketobutyric共结晶的结构的R_(work)=18.2%,R_(free)=24.2%;和N-acetyl-D-mannosamine共结晶结构的R_(work)=18.3%,R_(free)=24.5%。

知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前17条
1 许喜林,陈子建;共结晶技术和应用[J];甘蔗糖业;2000年06期
2 胡松青,丘泰球,张喜梅,林福兰;共结晶蜂蜜粒糖的研制[J];中国甜菜糖业;1996年03期
3 苏根博,吴柏昌,李征东;碘酸盐共结晶的非线性增强效应[J];人工晶体学报;1995年03期
4 朱向学;蔡睿;陈福存;徐龙伢;;高效多级孔共结晶分子筛催化材料创制和工业应用[J];科技促进发展;2015年06期
5 李勇;田国华;王鑫磊;;高密度聚乙烯/线性低密度聚乙烯的共结晶研究[J];电子显微学报;2006年S1期
6 魏开华,张德添,杨松成,汪保珍,张学敏;扫描电镜研究硝酸纤维素膜上的共结晶[J];电子显微学报;2000年03期
7 尹金城;王昌赫;王莹;关磊;;一个芳环堆积共结晶化合物的合成与表征[J];化学与黏合;2018年05期
8 张春桃;王鑫;王海蓉;梁文懂;赵龙;;共结晶过程研究进展[J];现代化工;2015年01期
9 王东辉;;1种共结晶分子筛催化剂在二甲醚羰化制醋酸甲酯中的应用[J];化工生产与技术;2013年03期
10 刘思雨;赵文丽;朱晨光;;热气溶胶灭火剂共结晶工艺与灭火性能研究[J];消防科学与技术;2017年09期
11 刘盛林,牛雄雷,谢素娟,吴治华,彭建彪,徐龙伢;MCM22/ZSM35共结晶分子筛上催化裂化汽油改质[J];石油化工;2005年04期
12 胡松青,丘泰球,张喜梅;蔗糖共结晶产品的研制[J];食品工业科技;1998年02期
13 吴锵金,施剑秋,陈元柱,邓福孝;雷公藤内酯甲和异雷公藤内脂甲共结晶的晶体结构[J];福州大学学报(自然科学版);1994年02期
14 苏毅,封毅;蔗糖共同结晶工艺的配方技术[J];广西轻工业;1995年02期
15 胡松青,丘泰球,张喜梅;功能性共结晶糖品性质的研究[J];甘蔗糖业;1998年02期
16 彭朝荣,汪秀英,陈竹平,周雪梅,邓华川,周应才;共结晶对复合体系正温度系数特性的影响[J];辐射研究与辐射工艺学报;2002年01期
17 陈勇,李炳海;聚合物共结晶行为的研究现状[J];中国塑料;2002年09期
中国重要会议论文全文数据库 前13条
1 刘卫东;陈曦;崔云凤;冯进辉;郭瑞庭;吴洽庆;朱敦明;;来自于Clostridium difficile中的唾液酸醛缩酶的蛋白质晶体学研究[A];中国生物工程学会2014年学术年会暨全国生物技术大会论文集[C];2014年
2 张玲;刘盛林;谢素娟;朱向学;李秀杰;徐龙伢;;同晶和异晶晶种对无胺合成ZSM-5/ZSM-11共结晶分子筛的影响[A];第十六届全国分子筛大会论文集[C];2011年
3 张玲;刘会娟;刘盛林;谢素娟;徐龙伢;;金属阳离子对微波合成ZSM-5/11共结晶分子筛的影响[A];第六届全国环境催化与环境材料学术会议论文集[C];2009年
4 张玲;刘会娟;刘东;刘盛林;谢素娟;徐龙伢;;小晶粒ZSM-5/ZSM-11共结晶分子筛的合成[A];中国化工学会2008年石油化工学术年会暨北京化工研究院建院50周年学术报告会论文集[C];2008年
5 朱向学;安杰;谢素娟;李秀杰;张玲;陈福存;徐龙伢;;多级孔共结晶分子筛催化剂研发及在清洁油品生产中的应用[A];第18届全国分子筛学术大会论文集(下)[C];2015年
6 王炳春;田志坚;李鹏;曲炜;王磊;徐云鹏;徐竹生;林励吾;;ZSM-22/ZSM-23共结晶分子筛的双模板剂合成策略与异构化性能[A];第十五届全国分子筛学术大会论文集[C];2009年
7 谢素娟;刘盛林;张玲;徐龙伢;;MCM-49与ZSM-35的共结晶及混合物的芳构化性能比较[A];第十五届全国分子筛学术大会论文集[C];2009年
8 于海卫;刘盛林;安杰;王清遐;徐龙伢;;共结晶分子筛催化剂上催化裂化汽油中烯烃芳构化[A];分子筛催化与纳米技术——分子筛协作组2006年学术年会论文集[C];2006年
9 李勇;田国华;王鑫磊;;高密度聚乙烯/线性低密度聚乙烯的共结晶研究[A];2006年全国电子显微学会议论文集[C];2006年
10 刘勇;张维萍;谢素娟;徐龙伢;韩秀文;包信和;;多核核磁共振研究MWW/FER共晶分子筛的结构转变[A];第十五届全国波谱学学术会议论文摘要集[C];2008年
11 周杰;石光;秦炜;胡小燕;黄海平;许慧;;梳型聚酯及与高密度聚乙烯共混物的制备及其界面结晶结构研究[A];2009年全国高分子学术论文报告会论文摘要集(上册)[C];2009年
12 吴婷;张传静;杜一平;于博昊;;MALDI成像研究聚合物分析中的溶剂效应[A];中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会会议摘要集[C];2015年
13 律倩倩;韩宝芹;刘万顺;刘伟治;;海洋甲壳多糖水解酶水解机理研究[A];第五届泛环渤海生物化学与分子生物学会学术交流会论文集[C];2015年
中国博士学位论文全文数据库 前4条
1 张传磊;基于线型吡啶配体配位聚合物的合成、结构及性质[D];南京大学;2015年
2 孙伟光;基于蛋白质结构的抗糖尿病天然产物作用靶点和机制研究[D];华中科技大学;2016年
3 邱碧薇;抗冲共聚聚丙烯分散相调控及其结构-性能关系[D];浙江大学;2015年
4 宋毅;新型亚微米沸石催化剂的制备及催化性能评价[D];东北大学;2014年
中国硕士学位论文全文数据库 前14条
1 马志伟;高压光谱法研究共结晶中的质子转移[D];吉林大学;2017年
2 王倩;木糖醇/薄荷醇共结晶体的可控制备[D];天津大学;2014年
3 张李锋;多孔γ-Al_2O_3粉体的制备研究[D];上海交通大学;2007年
4 王沥东;冷冻浓缩法处理有机中间体生产废水技术研究[D];华东理工大学;2018年
5 何树珍;低血糖指数蔗糖共结晶产品的制备和功效研究[D];华南理工大学;2012年
6 钱火连;小分子量腺苷酸基琥珀酸合成酶的结构与功能及其产物的药理学研究[D];北京协和医学院;2014年
7 严微;基于羧酸类配体配位聚合物的合成、结构及性质[D];南京大学;2017年
8 孙善虎;CL-20系列炸药共结晶与分相结晶竞争机制研究[D];西南科技大学;2018年
9 张洋;伊格列净及其L-脯氨酸共结晶的合成工艺研究[D];山东大学;2016年
10 郭文建;共结晶法AND吸湿改性探究[D];中北大学;2015年
11 张瑞婷;mocsin-FERM蛋白、钙调蛋白(CaM)与L-selectin肽段相互作用的研究及其共结晶[D];北京化工大学;2017年
12 彭建彪;MCM-22和铁取代MCM-22的合成与研究[D];中国科学院研究生院(大连化学物理研究所);2002年
13 侯慧敏;表没食子儿茶素没食子酸酯对非酒精性脂肪性肝病中二肽基肽酶-4活性及表达的影响[D];中国医科大学;2020年
14 肖青;再生植物纤维共结晶机理及其抑制方法的研究[D];华南理工大学;2010年
中国重要报纸全文数据库 前1条
1 斯波;膏酱或汁状复合调味的研究[N];中国食品报;2012年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978