收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

机器学习方法预测PDZ结构域的结合蛋白

张玲  邵晨  高友鹤  
【摘要】:正 PDZ结构域特异地结合配体蛋白C末端的3-7个氨基酸残基。我们收集了613种PDZ(swissprot52.1)和文献报道的105种PDZ的338对相互作用信息,选取了PDZ上23个决定相互作用的位点及配体C末端的8位氨基酸。随机生成序列作为阴性数据。实验表明,不同的阴性数据集,对预测结果的影响不大。我们选用了两种常用的机器学习方法——神经网络和支持向量机——来进行我们的研究。并对氨基酸序列进行两种编码:正交编码和物理化学性质编码。随机取实验数据集的2/3作为学习样本、1/3作为检验样本,进行三次交叉循环验证。平均学习效果如下:

知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 涂白;毕然;;支持向量机方法预测离子通道蛋白[J];计算机与数字工程;2007年10期
2 吴汝林;王丽红;;工程蛋白用作特异性结合试剂[J];生物技术通报;2006年06期
3 李哲谦;刘书朋;严壮志;黄海;;基于支持向量机的蛋白质相互作用预测[J];电子测量技术;2008年05期
4 金宏;视黄醇结合蛋白的结构与功能[J];生物化学与生物物理进展;1996年02期
5 晏春;王正志;;基于支持向量机的生物序列分析[J];计算机仿真;2006年09期
6 吴琳琳;徐硕;;基于SVM的蛋白质二级结构预测[J];生物信息学;2010年03期
7 刘萍萍,史兆兴,陈宗德,黄留玉;周质结合蛋白依赖的转运系统研究进展[J];生物技术通讯;2005年03期
8 王宝文;王水星;刘文远;于家新;;结合支持向量机和贝叶斯方法进行蛋白质二级结构预测[J];生物信息学;2010年01期
9 徐文韬;叶子弘;俞晓平;;基于支持向量机(SVMs)的核心启动子识别方法[J];安徽农学通报;2006年13期
10 王峦,薛鹏,程睿,付佳琪,陈微,慈宏亮,李亦平;人类新基因ACBP5cDNA的克隆及其同源物在小鼠/鸡胚发育过程中的表达[J];中国生物化学与分子生物学报;2005年02期
11 张廷华;;生物化学课学习方法初探[J];高等理科教育;2011年04期
12 胡秀珍;李前忠;;用支持向量机识别β-发夹模体[J];生物物理学报;2007年06期
13 孟炜;王飞飞;彭新俊;沈称意;王翼飞;;应用支持向量机预测蛋白质相互作用位点[J];应用科学学报;2008年04期
14 谢志群,许根俊;基于去折叠自由能的蛋白质结构域划分方法——适用于连续与不连续结构域[J];生物化学与生物物理学报;2003年12期
15 李元乐;陶兰;;基于小波核支持向量机的蛋白质二级结构预测[J];深圳大学学报(理工版);2006年02期
16 王兰;刘融;周艳红;;基于结构域组合信息预测蛋白质相互作用[J];生物信息学;2008年01期
17 杨庆荣;;中专生物化学课程的学习困难原因及对策探讨[J];井冈山医专学报;2009年01期
18 高建召;王奎;胡刚;张华;;用SVM和FFT对膜蛋白功能分类[J];计算机工程与应用;2009年17期
19 陈功锡;徐亮;龚双姣;林永慧;向芬;;对“植物分类学”课程教学的再认识[J];教师;2011年05期
20 王锐,胡晓愚,李向群;DNA结合蛋白结构域的研究进展[J];化学进展;1995年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 张玲;邵晨;高友鹤;;机器学习方法预测PDZ结构域的结合蛋白[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年
2 宋婀莉;田瑞;马素参;高友鹤;;PDZ结构域低丰度配体的筛选方法[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年
3 张玮;李晓琴;徐海松;任文科;;β类蛋白质折叠类型分类及识别[A];中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集(下册)[C];2007年
4 赵明炜;王恩多;;亮氨酰-tRNA合成酶CP1结构域对于种属间tRNA~(Leu)的识别至关重要[A];第七届全国酶学学术讨论会论文摘要集[C];2004年
5 单璐;童宇峰;冯银钢;王金凤;;金黄色葡萄球菌核酸酶无脯氨酸突变体的溶液结构及骨架动态特性研究[A];第十三届全国波谱学学术会议论文摘要集[C];2004年
6 傅成波;杜延顺;黄秉仁;谢云飞;苑玉和;白氡;崔迎彬;;TRAF6与RanBPM相互作用的研究[A];第十次中国生物物理学术大会论文摘要集[C];2006年
7 刘慧萍;柴玉波;陈苏民;王志珍;;蛋白质二硫键异构酶结构域的克隆与活性研究[A];生命科学与生物技术:中国科协第三届青年学术年会论文集[C];1998年
8 孙婧;敬闰宇;吴镝;李梦龙;李益洲;;基于机器学习方法的结构域预测[A];第十一届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2011年
9 贾卫;金伯泉;张新海;杨琨;朱勇;刘雪松;李琦;;CD226(PTA1)分子D1结构域参与NK和CTL的功能[A];中国免疫学会第四届学术大会会议议程及论文摘要集[C];2002年
10 李祥;张家海;曹赞霞;吴季辉;施蕴渝;;GOPC蛋白PDZ结构域的溶液结构及其与Neuroligin羧基末端的相互作用[A];第十次中国生物物理学术大会论文摘要集[C];2006年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 邵晨;机器学习方法预测蛋白质相互作用应用Logistic回归提高质谱多肽鉴定的准确度[D];中国协和医科大学;2008年
2 吴益民;三个含SCAN结构域的锌指蛋白基因ZNF191、ZNF396和ZNF397研究[D];复旦大学;2002年
3 何华伟;肌酸激酶结构域相互作用与活性中心极性微环境的研究[D];清华大学;2007年
4 李晨;AF-1与UG结合蛋白相互作用及生物学意义的初步研究[D];中南大学;2008年
5 刘奕彤;Ccd1激活Wnt信号通路的分子机制[D];清华大学;2010年
6 陈文钦;草鱼核苷酸结合寡聚化结构域基因和γ-干扰素相关基因的克隆及其表达[D];华中农业大学;2010年
7 钟英斌;类胰岛素生长因子结合蛋白3(IGFBP-3)的作用机制及功能进化研究[D];中国海洋大学;2010年
8 吴勃;人源蛋白Vav2和Arap3的结构与功能研究[D];中国科学技术大学;2010年
9 阮建彬;组蛋白甲基化位点结合结构域的结构与功能研究[D];中国科学技术大学;2012年
10 翁经纬;蛋白质分子大幅度构象变化的计算模拟研究[D];复旦大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 许津瑞;细胞因子—受体相互作用的预测[D];厦门大学;2008年
2 郭小森;DNA结合蛋白中DNA结合氨基酸残基的计算机预测[D];吉林大学;2008年
3 李靖;基于支持向量机的基因表达数据降维方法的研究[D];苏州大学;2011年
4 黄娟;基于文本挖掘技术的蛋白质相互作用预测方法研究[D];中南大学;2009年
5 王兰;基于结构域组合信息预测蛋白质相互作用[D];华中科技大学;2007年
6 李丹;基因重叠社区识别研究及RNA剪切位点预测[D];吉林大学;2011年
7 梁琳;颗粒裂解肽抗菌结构域的重组表达和生物活性分析[D];安徽大学;2011年
8 夏思思;海洋放线菌氨基酸腺苷化结构域的克隆、表达和酶活性测定[D];华中师范大学;2012年
9 张海霞;蛋白质二级结构预测方法研究[D];大连理工大学;2004年
10 贾佳;环氧化物水解酶序列识别和分类模型的构建[D];浙江大学;2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 医学院;颜宁研究组在《自然》发文[N];新清华;2011年
2 记者 李琮;纳米复合涂料应用前景看好[N];中国化工报;2006年
3 练玉春;我国植物学家取得离子调控机理研究新进展[N];光明日报;2008年
4 郝东方;思维导图让普通人拥有天才的思维方式[N];大众科技报;2005年
5 郝东方;联想与想象:增强记忆与创造力的法宝[N];大众科技报;2005年
6 北京大学生命科学学院 顾孝诚;话说蛋白质工程[N];科技日报;2002年
7 本报实习生 韩义雷;科学方法让你走向神奇[N];科技日报;2005年
8 石岩;对特色微生物基因进行系统研究[N];科技日报;2006年
9 记者  陈超;日本科学家发现最耐热蛋白质[N];科技日报;2006年
10 白毅;上海药物所SARS病毒研究获系列突破[N];中国医药报;2008年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978