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龋活跃人群和健康人群的唾液微生物菌群的宏基因组研究

凌均棨  杨芳  曾晓维  宁康  陈劼  Chien-Chi Lo  Patrick S.Chain  Gary Xie  徐健  
【摘要】:目的:龋病是威胁人类健康的重要公共卫生问题,由于我们对于复杂的口腔微生物群落缺乏足够深入的了解,因此龋病的微生物病因学一直存在争议。新一代的DNA测序技术对于口腔微生物群落多样性的认识提供了更为有力的探查工具,使我们有机会得以分别探索健康的和龋活跃状态下的口腔菌群图谱,从整体角度衡量疾病和健康状态的菌群构成差异,这对认识龋病微生物病因学非常重要,也为以后诊断工具的开发及龋病风险评估奠定基础。方法:收集1 9个龋敏感病人和26个健康人来源的唾液样品,进行微生物群落宏基因组分析。经基因组DNA提取,对16S的V4/V5高变区进行PCR扩增,扩增产物采用454-GS-Titanium进行测序,得到400bp左右长度的序列片段。经序列质量评估初步筛选,以97%的相似性进行种水平划分评价多样性,并对Human Oral Microbiome Database(HOMD)和RDP的16S数据库进行比对分析,评价物种结构及从门至属菌种分类的相对丰度。通过以上分析,全面衡量群落结构多样性和种系发育信息,并对两人群来源的不同唾液样品进行比较分析。结果:我们报道迄今较为完整的健康和龋活跃成人的唾液微生物群里构成。1.人唾液微生物群落有其广泛的多样性特征,但是人与人之间缺乏核心菌群的存在;2.龋活跃人群的群落结构较健康人群来说,较为分散,即健康人相对保守;3.对于龋活跃人群和健康人群来说,其在某些细菌种类的相对丰度存在差别,诸如Prevotella属在龋活跃人群中发现有明显升高的表现,但两人群来源的Prevotella种组成并非一致。结论:上述对于龋病相关的口腔唾液菌群研究结果支持生态菌斑假说,即龋的存在与形成并非特异性的致龋微生物存在,而是源于群落结构的变化,该结果提示菌种丰度的变化可作为生物标记来预防和监测龋病。

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