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2008年广东省肠道病毒71型分离株全基因组核苷酸序列分析

张欣  邓小玲  管大伟  郑焕英  郭雪  杨杏芬  柯昌文  
【摘要】:目的了解2008年广东省流行的EV71病毒基因特征。方法我们选择了2008年广东省分离的1株EV71毒株(GDFS-3),进行了全基因组序列测定和基因进化特性的分析。结果GDFS-3株与其它肠道病毒71型毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,其5′UTR和3′UTR区的长度和序列有一定的差异。核苷酸同源性比较结果表明,GDFS株与中国台湾流行株(TW984)的同源性最高(为96%),与新加坡流行株SIN5666及标准株MS、BrCr的同源性则在81%左右,氨基酸同源性比较结果表明,GDFS-3株与中国台湾流行株(TW984)同源性最高(99%)。,根据VP1基因序列构建亲缘性关系树,GDFS-3株与C4亚型聚为一簇,与C4亚型代表株的核苷酸序列同源性为91%~95%。结论遗传进化分析表明,GDFS-3株和中国台湾2004年流行的EV71毒株的亲缘关系最为密切,属于C4型(subgenogroup),而与标准株BrCr和MS的亲缘关系较远。5′UTR的突变对于EV71毒力增强可能有重要作用。上述结果有助于肠道病毒71型的基础研究和中国对于EV71所致疾病的预防。

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