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枣高密度集成遗传连锁图谱的构建

唐海霞  周广芳  王传增  张琼  王中堂  
【摘要】:枣(Ziziphus jujuba Mill.)原产中国,种质资源非常丰富,当前主栽品种虽具有优良性状,但大多存在明显缺陷,目前实生选育具有很强的随机性和盲目性,生产上急需整合优良性状的新品种。开展杂交育种,培育高品质品种,对促进枣产业可持续发展具有重要意义。但枣花小,坐果率低,且胚败育率高,给定向杂交育种带来严重障碍。随着‘冬枣’、JMS1、JMS2和JMS3等一批枣雄性不育种质的发现,人工控制杂交技术的建立,枣多态性SSR标记的开发及其在杂种鉴定中的应用,使得枣树杂交后代的批量获得和精准鉴定成为可能,为枣遗传图谱构建提供材料基础。枣全基因组的破译,为枣遗传图谱构建提供了基因集。利用已构建的103株‘冬枣’ב金丝4号’F1杂交群体和145株‘冬枣’ב中宁圆枣’F1杂交群体,采用GBS(Genotyping-by-Sequencing)简化基因组测序技术,开发SNP(Single nucleotide polymorphism)标记,分别构建遗传连锁图谱。基于两群体母本一致且参考相同基因组构建图谱,通过分析两图谱连锁群对应关系,发掘它们共有的SNP标记,采用MergeMap软件,将两图谱整合,构建枣的高密度集成遗传连锁图谱。整合图谱覆盖全基因组的遗传距离2 455.89 cM,包含24 147个SNP标记,分布在12条连锁群上,最长连锁群为LG03,遗传距离为347.82 cM,标记3 290个;最短连锁群为LG09,遗传距离为95 cM,标记1 915个;各连锁群平均遗传距离范围在0.06~0.13 cM,该图谱各标记间的平均遗传距离为0.1 cM。将该谱图与‘骏枣’参考基因组线性分析表明,310 Mb数据锚定到了参考基因组上,约占参考基因组的88.3%,基因距离与物理长度相关性的平均值为144.74 kb·cM-1。该集成遗传图谱上图标记多,标记间遗传距离小,是枣分子辅助育种和基因组研究的可靠参考工具。

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