鉴定氧化应激相关基因作为结直肠癌的预后分子标志物

【摘要】：目的:肿瘤分子生物学表明氧化应激与结直肠癌之间密切相关。本研究拟从氧化应激相关基因出发,利用公共数据库分析鉴定结直肠癌中氧化应激相关的预后分子标记物,为结直肠癌的预后预测、营养干预提供新靶点和理论依据。方法:从TCGA数据库下载结直肠癌RNAseq数据并收集临床资料,利用R软件分析结直肠癌组织中差异表达和预后相关的基因。利用GeneCards数据库氧化应激相关基因。使用R软件进行GO和KEGG分析。使用LASSO回归和Cox回归方法构建预后风险评分模型。最后根据风险评分将结直肠癌患者分为高、低风险组,分析结直肠癌患者生存资料,绘制Kaplan-Meier曲线以评估分子标志物的预后价值。结果:设定|log2-flod change (FC)|2.0以及P0.05为阈值,分析得到结直肠癌组织中差异表达基因2124个,预后相关基因174个。将差异表达基因、预后相关基因和氧化应激基因取交集,共得到40个编码基因。通过GO和KEGG分析,发现40个基因主要在白细胞介素7介导的信号通路、基因沉默等通路显著富集(P0.05)。使用LASSO回归分析得到13个与氧化应激相关的预后分子,分别为TYR、CYP26A1、LIN28A、H2AC4、REG3A、H2BC10、H3C11、DEFA5、SEMA3E、WIF1、NKX6-3、CLCA4、TTC29。利用单因素Cox回归分析发现,CYP26A1(HR=1.434,P=0.004)、SEMA3E(HR=1.416,P=0.02)和NKX6-3(HR:1.197,P=0.01)是结直肠癌患者预后独立危险因素。K-M曲线分析发现,高风险组结直肠癌患者具有更差的预后(HR=2.32,P0.001)。结论:本研究鉴定出的基于氧化应激相关的结直肠癌预后分子标志物具有一定的预后价值,有望成为结直肠癌潜在的营养干预靶点。