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由基因型SNP数据推断相应单体型的Markov链统计方法(英文)

张继红  吴凌云  王勇  李珍萍  章祥荪  
【摘要】:本文建立了一类由基因型SNP数据推断相应单体型(haplotype)的Markov链统计方法.该方法可适用于SNP标记连锁性(linkage disequilibrium)较弱的长程SNP标记图谱(long marker map)的相关性(association)分析,该种图谱对整个基因组范围的相关研究和复杂疾病研究非常重要.我们获得了一个寻求最优单体型重构的动态规划算法,该算法能以n的线性时间求解单体型最优重构的精确最优解.最后的模拟计算试验也表明该方法是非常有效的.

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