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基于能量极小化的蛋白质结构预测

靳利霞  唐焕文  
【摘要】:理想的蛋白质结构预测方法是基于能量极小化的理论计算方法,因为它建立在热力学原理基础之上,而不需要任何已知结构信息,然而几十年来该方法一直受到多重极小问题(multipleminima problem)的困扰。蛋白质是一个强柔性大分子的复杂体系,它的能量超表面存在着大量的局部极小,如何避免陷入局部极小的陷阱,找到全局能量极小构象成为解决蛋白质结构预测问题的关键。针对这一问题,人们发展了多种方法,本文着重介绍一些被认为很有前途的方法:Monte Carlo方法,模拟退火方法、遗传算法、光滑算法、Build-Up过程以及构象空间退火方法。这些方法对其它领域的优化问题同样是适用的。

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