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大熊猫bHLH基因家族的识别与分析

徐俊丽  李玉芝  张修月  岳碧松  李校  
【摘要】:碱性/螺旋-环-螺旋(basic/Helix-Loop-Helix,bHLH)蛋白质家族是数量最多、最复杂的转录因子家族之一,几乎存在于所有真核生物体内,其功能包括参与神经发育、肌肉形成、造血等重要生物学过程的基因表达调控。目前动物中对bHLH蛋白的研究已较为广泛和深入,但是大熊猫作为保护动物的旗舰物种,由于刚完成全基因组的测序,bHLH还没有被报道。本研究从BGI大熊猫信息数据库(http//panda.genomics.org.cn/download.jsp)中下载获得大熊猫的全基因组序列,利用先前研究成果中已经确定的bHLH序列对其TBLASTN,找出所有可能的大熊猫bHLH蛋白基因,然后进行手工筛选以得到非冗余的bHLH序列,再利用Pfam结构域分析工具对其进一步鉴定。把大熊猫bHLH序列与人、果蝇、线虫等物种的bHLH蛋白基因序列放在一起构建进化树,研究大熊猫的bHLH超家族中各个亚家族的分布情况。通过分析,发现大熊猫基因组中共有118个bHLH基因,根据结构域差异和系统发育分析结果,大熊猫的bHLH基因归属于42个亚家族,其中属于A、B、C、D、E、F五个组的数目分别为:56、26、17、5、6、0,此外还有8个大熊猫的bHLH成员暂时无法将其分为任何一组,列为"orphans"组。有些种类如COE和MITF亚家族在大熊猫进化过程中可能出现了丢失。本研究结果为深入了解大熊猫bHLH蛋白家族的进化关系及功能提供了参考。

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