新型家蚕非编码RNA的发现与鉴定

【摘要】：通过对家蚕蛹cDNA文库2300多条cDNA的测序和分析,发现蛹中约有3％的非编码RNA序列。经二级结构预测,发现有30多条序列符合调控RNA的特征。本研究从中选取了一条可能与家蚕生长发育调控有关的非编码RNA序列作为研究对象,cDNA片段长度为379bp,已在GenBank登陆,登陆号为:DN237000。发现其对应的mRNA具有下列特征:5’端存在10个U,3’端有52个A,二级结构预测可形成明显的茎环结构。为了进一步证明此结果,我们提取蚕蛹总RNA进行RT-PCR:以Oligo dT和Oligo dA为引物,以总RNA以Oligo dT为引物的逆转录产物为模板进行PCR,电泳结果表明在约100-300bp区域有明显扩增片。又将该cDNA去掉其3’端polyA尾和5’端polyT头,以其核心部分设计两段PCR引物进行扩增,PCR产物作为探针,用同位素标记,对家蚕蛹总RNA以Oligo dT为引物的逆转录产物进行Southern blotting分析,并以该PCR产物为阳性对照,结果发现家蚕蛹总RNA 的逆转录产物中存在一类与阳性片段一致的杂交条带。说明家蚕蛹中可能存在3’端polyA尾和5’端 polyU头的RNA。这可能是一类特殊结构的新RNA。