印度-西太平洋区域正红树(Rhizophora apiculata Blume)的群体基因组学研究

【摘要】：正红树是一种典型而常见的红树植物,它专一地生长并适应于海岸潮间带这种极端的环境。本研究选取了中国海南岛和泰国东西海岸的五个群体,利用Illumina测序技术分别对每个群体的78个核基因片段进行混合测序。结果表明,海南岛的三个正红树群体内核苷酸多样性分别是3.02*10~(-4),3.72*10~(-4)和2.62*10~(-4)。泰国东部的两个群体内核苷酸多样性是5.94*10~(-4)和6.55*10~(-4)。泰国西部群体内核苷酸多样性是8.82*10~(-4)。遗传多样性的分析表明印度洋-西太平洋区域的正红树群体的群体内遗传多样性水平很低,位于分布区北缘的海南岛的正红树群体的有效群体大小最小,泰国东部的群体的有效群体大小约为海南岛的2倍,泰国西部的群体有效群体大小最大,约为海南岛的3倍。另外,F统计的结果表明海南岛的两两群体间的遗传分化水平远大于泰国东部两两群体之间的遗传分化水平。基于上述遗传多样性及遗传分化的分析,我们推测位于分布区边缘的正红树群体(如海南岛的群体)受到了比非边缘区群体(如泰国东部的群体)更强的瓶颈效应的影响,所以我们观察到边缘群体的群体内遗传多样性更低、群体间遗传分化更大这样的一种模式。同时,我们利用Sanger测序对印度洋-西太平洋区域的近10个群体的部分基因进行测序和单倍型分析,结果表明印度洋-西太平洋区域的大多数群体可能均发生过群体混合事件。本研究通过对印度洋-太平洋区域的正红树进行群体基因组学研究,推断了正红树群体的可能的进化历史,为研究红树植物的进化历史和适应性进化提供了宝贵的方法和资料。