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《2017中国长三角遗传学大会会议手册》2017年
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Comparative microRNA-seq analysis depicts candidate miRNAs involved in skin color differentiation in red tilapia

Lanmei Wang  Wenbin Zhu  Zaijie Dong  Feibiao Song  Juanjuan Dong  Jianjun Fu  
【摘要】:The differentiation and variation in body color has been a rising barrier blocking the commercial value of red tilapia.Limit miRNA information is available on skin color differentiation and variation in fish so far.In this study,a high-throughput Illumina sequencing of sRNAs on three color variety red tilapia was conducted and an amount of 81,394,491 raw reads were generated.A total of 275 known miRNAs and 205 novel miRNAs were identified from the nine libraries.Of those,54 known and 104 novel miRNAs were significantly differentially expressed(|fold change|=2 and q-value =0.001) by pairwise comparison and several miRNAs were validated to be related to pigment synthesis,such as dre-miR-722,dremiR-203a-3p,dre-miR-2188-3p and dre-miR-138-5p.Target prediction and functional analysis of color-related miRNAs discovered a variety of putative target genes,like slc7a11,mc1r and asip, playing potential roles in pigmentation.Moreover,the miRNA-mRNA regulatory network was also illustrated to further elucidate the pigmentation variation in fish.The results will advance our understanding on the molecular mechanisms of skin pigmentation differentiation in red tilapia.

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