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《中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会论文摘要汇编》2011年
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仿刺参[Apostichopus japonicus(Selenka,1867)]转录组分析

杜慧霞  侯睿  苏海林  王师  包振民  
【摘要】:仿刺参[Apostichopus japonicus(Selenka,1867)]隶属于棘皮动物门,广泛分布于北太平洋地区,具有重要的进化地位和生物学特征,并且是我国北方重要的养殖物种。基因组学研究可以为揭示生物进化地位,了解遗传机制并更好进行生产实践提供重要理论依据。目前,仿刺参基因组学资源仅限于线粒体全基因组序列,多个与再生、免疫等相关的功能基因以及一些分子标记,序列信息仍相对缺乏。新一代高通量测序技术在筛查功能基因和开发分子标记等方面显示了强大的功能,可以在短时间内获得大量序列信息。本研究利用454测序技术对仿刺参转录组进行了测序分析。以仿刺参不同发育时期的胚胎、幼虫及成体组织为材料提取RNA,利用SMART技术反转录获得cDNA,并对胚胎、幼虫和成体组织cDNA进行了标记,标记后的cDNA经过超声波打断,接头连接和PCR扩增后获得454测序文库。测序共得到1,061,078条平均长度为344bp的ESTs,其中95.4%的序列通过了质量筛查(去接头和去小片段)。将经过筛查的ESTs与NCBI上已有的7,597条仿刺参ESTs共同拼接,得到54,281 contigs和220,991 singletons。对拼接后的数据进行了基因名称注释,GO注释,KEGG代谢通路注释.从而筛选到大量候选功能基因,同时还开发了134,862个SNPs和10,839个SSRs。本次测序提供了较为全面的仿刺参转录组序列信息,为更广泛地研究仿刺参的基因表达、调控和进化等方面提供了参考性依据。此外,大量分子标记的获得也为我们下一步构建仿刺参遗传图谱、研究种群遗传多样性等工作做了铺垫。

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