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《第八次全国医学遗传学学术会议(中华医学会2009年医学遗传学年会)论文摘要汇编》2009年
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脆性X智力障碍1基因新型可变剪接外显子和剪接异构体的鉴定

富显果  张朵  张晓  柯龙凤  严爱贞  朱忠勇  兰风华  
【摘要】:目的对脆性X智力障碍1基因(FMR1基因)的剪接异构体(splice isoforms)进行鉴定,并探讨不同个体间、不同组织间FMR1基因可变剪接的差异。方法提取外周血总RNA,用长链RT-PCR扩增FMR1基因全长编码序列,胶回收试剂盒纯化PCR产物。将PCR产物克隆至pGEM-T Easy载体。抽提重组质粒,EcoRI酶切鉴定后进行序列测定。对一个市售脑组织cDNA库也用PCR扩增FMR1基因全长编码序列,并用同样方法分析其PCR产物。对新发现的可变剪接外显子及剪接异构体进行生物信息学分析。用RT-PCR证实新发现的可变剪接外显子。结果对来源于1名疑似脆性X综合征(FXS)患者和4名正常对照的外周血、以及市售脑组织cDNA库的110个克隆进行了序列测定(其中FXS患者19个、正常对照A 17个、正常对照B 18个、正常对照C 16个、正常对照D 20个、脑组织cDNA库20个),分别鉴定出11种、7种、10种、6种、11种和9种剪接异构体,其中6种属首次报道。3种来自疑似FXS患者的新型剪接异构体均在其外显子9与10之间插入了一段46bp的序列。序列比对发现,这段序列与内含子9中间的一小段序列完全一致。生物信息学分析表明,此插入片段两端与内含子的交界处均具有经典的剪接位点,其5'端上游还有分支点序列(branch point sequence,BPS)和分支点(branch site):-TTTAT-,以及多聚嘧啶序列(polypyrimidine tract,PPT):-TGTGCCTTCCAT-。RT-PCR进一步证实了它的存在,属于FMR1基因新型可变剪接外显子。该可变剪接外显子的插入,引入一个终止密码子,导致一个截短多肽(缺失第10外显子以下氨基酸序列)的合成。其他3种新型剪接异构体中,1种联合缺失第11、12外显子,并采用外显子17第2剪接受点,导致开放阅读框改变,出现新的羧基末端,可能编码544个氨基酸残基的多肽;1种联合缺失外显子12、15和外显子14大部分3'端序列,并采用外显子14、16内部的剪接供、受点,导致开放阅读框改变,出现新的羧基末端,可能编码418个氨基酸残基的多肽;另1种采用外显子15一个新的剪接受点——该受点位于外显子15第3个剪接受点下游10个碱基,未发生开放阅读框改变,可能编码566个氨基酸残基的多肽。结论建立了一个鉴定mRNA剪接异构体的新方法;发现FMR1基因的一个新型可变剪接外显子和6种新的剪接异构体;FMR1基因的可变剪接可能远比以前预想的要复杂,且不同个体间、不同组织间的FMR1基因可变剪接可能存在差异;FMR1基因的异常剪接可能是部分FXS患者发病的原因。
【作者单位】:南京军区福州总院遗传病分子诊断中心
【分类号】:R450

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