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《中国遗传学会七届一次青年研讨会暨上海高校模式生物E——研究院第一届模式生物学术研讨会论文汇编》2005年
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根癌土壤杆菌Agrobacterium tumefaciens str.C58中分泌蛋白的信号肽

范成明  李成云  赵明富  何月秋  
【摘要】:利用SignalP3.0、LipoP1.0、TMHMM2.0和TARgetP1.01四种蛋白分析的软件预测了Agrobacterium tumefaciens C58 Cereon菌株的全部染色体基因所编码的4554个ORF编码的蛋白中信号肽,其中有158具有分泌型信号肽,9条具有RR-motif型信号肽,28条具有信号肽酶Ⅱ型信号肽,有8条具有细菌素-信息素型信号肽。在利用SignalP3.0时直接采用了SignalP3-NN和SignalP3-HMM两种算法,并对两种算法中的参数的选择进行了分析,结果表明Dscore比Smean对信号肽更敏感。为了结果更可靠,采用SignalP3-NN中的Cmax和Dscore和SignalP3-HMM中的Cmax这三个参数来筛选分泌型蛋白的信号肽。对分泌蛋白的信号肽中氨基酸残基的分析表明,在这203个信号肽中仅有分泌蛋白AGR_C_1878p和AGR_C_1880p的信号肽完全相同。可以看出信号肽在进化是高度变异的,而在氨基酸残基的使用上是保守的。

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